自然科学研究機構 岡崎共通研究施設
計算科学研究センター
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パッケージプログラム状態一覧
最終更新: 2023/12/6
コンパイラ・ライブラリ
システム標準のものなどの一部を除き、/apl 以下に導入されています。
|
名前 |
バージョン | 備考 |
|---|---|---|
| GCC | 8.5.0* | (システム標準) |
| 9.2.1 | module: gcc-toolset/9 (gcc-toolset-9) | |
| 10.3.1 | module: gcc-toolset/10 (gcc-toolset-10) | |
| 11.2.1 | module: gcc-toolset/11 (gcc-toolset-11) | |
| 12.1.1 | module: gcc-toolset/12 (gcc-toolset-12) | |
| AOCC | 4.1.0 | module: aocl/4.1.0 |
| 4.0.0* | module: aocc/4.0.0 | |
| 3.2.0 | module: aocc/3.2.0 | |
| AOCL | 4.1.0 | module: aocl/4.1.0-aocc4.1 (AOCC でビルド), aocl/4.1.0-gcc13.1 (GCC でビルド) |
| 4.0 | module: aocl/4.0-aocc4.0 (AOCC でビルド), aocl/4.0-gcc11.2 (GCC でビルド) | |
| 3.2.0 | module: aocl/3.2.0-aocc3.2 (AOCC でビルド), aocl/3.2.0-gcc11.2 (GCC でビルド) | |
| Python [1] | 3.9.13 | |
| 3.6.8* | (/usr/bin/python3) | |
| 2.7.18* | (/usr/bin/python2) | |
| 3.10.9 (miniforge3) | (/apl/conda/20230214; conda_init.sh か conda_init.csh を source してください) | |
| NVIDIA HPC SDK | 23.5 | module: nvhpc/23.5, nvhpc/23.5-byo, nvhpc/23.5-nompi |
| 22.11 | module: nvhpc/22.11, nvhpc/22.11-byo, nvhpc/22.11-nompi | |
| Intel oneAPI [2] | 2024.0.0 | compiler 2024.0 runtime (module: compiler-rt/2024.0) |
| mkl 2024.0 (module: mkl/2024.0) | ||
| mpi 2021.11 (module: intelmpi/2021.11) | ||
| 2023.2.0 | compiler 2023.2.0 runtime (module: compiler-rt/2023.2.0) | |
| mkl 2023.2.0 (module: mkl/2023.2.0) | ||
| mpi 2021.10.0 (module: intelmpi/2021.10.0) | ||
| 2023.1.0 | compiler 2023.1.0 runtime (module: compiler-rt/2023.1.0) | |
| mkl 2023.1.0 (module: mkl/2023.1.0) | ||
| mpi 2021.9.0 (module: intelmpi/2021.9.0) | ||
| 2023.0.0 | compiler 2023.0.0 runtime (module: compiler-rt/2023.0.0) | |
| mkl 2023.0.0 (module: mkl/2023.0.0) | ||
| mpi 2021.8.0 (module: intelmpi/2021.8.0) | ||
| 2022.3.1 | compiler 2022.2.1 runtime (module: compiler-rt/2022.2.1) | |
| mkl 2022.2.1 (module: mkl/2022.2.1) | ||
| mpi 2021.7.1 (module: intelmpi/2021.7.1) | ||
| 2022.1.2 | compiler 2022.0.2 runtime (module: compiler-rt/2022.0.2) | |
| mkl 2022.0.2 (module: mkl/2022.0.2) | ||
| mpi 2021.5.1 (module: intelmpi/2021.5.1) | ||
| CUDA | 12.1 Update 1 | module: cuda/12.1u1 |
| 12.0* | module: cuda/12.0 | |
| 11.6 | module: cuda/11.6 | |
| 11.2 | module: cuda/11.2 | |
| Open MPI | 4.1.6 | module: openmpi/4.1.6 (各コンパイラ向けのパッケージ有) |
| 4.1.5 | module: openmpi/4.1.5 (各コンパイラ向けのパッケージ有) | |
| 3.1.6 | module: openmpi/3.1.6 (各コンパイラ向けのパッケージ有) | |
| HPC-X | 2.13.1 (Open MPI 4.1.5) | module: openmpi/4.1.5-hpcx (各コンパイラ向けのパッケージ有) |
| 2.11 (Open MPI 4.1.4) | module: openmpi/4.1.4-hpcx (各コンパイラ向けのパッケージ有) | |
| MVAPICH | 2.3.7 | module: mvapich/2.3.7 (各コンパイラ向けのパッケージ有) |
| Julia | 1.8.5 | module: julia/1.8.5 |
| 1.6.7 (LTS) | module: julia/1.6.7 | |
| Singularity/Apptainer | 1.1.5 | (singularity もしくは apptainer で呼び出し可能) |
*: デフォルトのバージョン
[1]: pip install (パッケージ名) --user のようにすることで、自身のホームディレクトリにパッケージを追加することもできます。完全な独自環境が欲しい場合には、miniforge 等での構築もご検討ください。なお、conda 環境の読み込みには時間がかかる場合があります(通常は初回読み込み時のみ; lustre ファイルシステムの仕様が原因で、解消は難しいです)。特定の少数パッケージが必要な場合は pip でホームディレクトリ以下に導入することを推奨します。
[2]: 共用領域にコンパイラ本体はインストールされていません。コンパイラが必要な場合は oneAPI Base Toolkit や oneAPI HPC Toolkit をご自身のディレクトリにインストールしてください。
アプリケーションパッケージ
以下のパッケージがインストールされています。(公式ページへのリンクが黒文字で表記されているものは、1/25 時点では未導入ですが、導入予定のものです)プログラムの詳しい使用法は公式のドキュメント等を参照してください。各演算ノードとフロントエンドの /apl 以下にインストールされています。ビルドに関する情報はこちらのページにまとめられています。
| 名前 | 内容 |
|---|---|
| ABINIT-MP | A software for fast Fragment-Molecular-Orbital (FMO) calculations. |
| AlphaFold | AI program for predictions of protein structure. |
| AMBER | Package of molecular simulation programs. |
| CP2K | A quantum chemistry and solid state physics software package. |
| CRYSTAL | General-purpose programs for the study of crystalline solids. |
| DCDFTBMD | Huge-system quantum mechanical molecular dynamics simulation program |
| DFTB+ | Fast and efficient versatile quantum mechanical simulation software package |
| DIRAC(注22) | Computes molecular properties using relativistic quantum chemical methods (named after P. A. M. Dirac). |
| GAMESS | General atomic and molecular electronic structure system. |
| Gaussian | Ab initio molecular orbital calculations. |
| GENESIS | Molecular dynamics and modeling software for bimolecular systems such as proteins, lipids, glycans, and their complexes. |
| GROMACS | Fast, Free and Flexible MD |
| GRRM | Automated Exploration of Reaction Pathways. |
| LAMMPS | Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator. |
| OpenMolcas | Quantum chemistry software. |
| Molpro | Complete system of ab initio programs. |
| NAMD | Scalable molecular dynamics program. |
| NBO | Discovery tool for chemical insights from complex wavefunctions. |
| NTChem(注17) | Comprehensive new software of ab initio quantum chemistry made in Riken-RCCS from scratch. |
| NWChem | Computational chemistry tools that are scalable both in their ability to treat large scientific computational chemistry problems |
| ORCA | An ab initio quantum chemistry program package |
| PSI4 | Open-source suite of ab initio quantum chemistry programs designed for efficient, high-accuracy simulations of a variety of molecular properties. |
| Quantum ESPRESSO | Integrated suite of Open-Source computer codes for electronic-structure calculations and materials modeling at the nanoscale. |
| Reaction Plus | Program to obtain the transition state and reaction path along the user’s expected reaction mechanism. |
| SIESTA | Efficient electronic structure calculations and ab initio molecular dynamics simulations of molecules and solids |
| TURBOMOLE | One of the fastest programs for standard quantum chemical applications. |
| GaussView | Viewer for Gaussian 09 / 16. |
| VMD | Molecular graphics viewer |
| パッケージプログラム名 | バージョン | 導入日 | 備考 |
|---|---|---|---|
| ABCluster | 3.0 | ○ (2023/11/28) | |
| ABINIT-MP | v2r4 | ◎ (2023/2/21) | |
| v1r22 | ○ (2023/2/21) | ||
| ADF(注9) | (入手不可) | ||
| AlphaFold | 2.3.1 | △ (2023/2/6)☆ | |
| 2.2.0 | △ (2022/3/14)☆ | ||
| 2.1.1 | △ (2021/11/8)☆ | ||
| 2.1.0 | △ (-/-/-)☆ | ||
| 2.0.0 (2021/8/19) | △ (2021/8/23)☆ | ||
| 2.0.0 (2021/7/20) | △ (2021/7/26)☆ | ||
| Amber | 22-update4 | ○ (2023/8/25)☆ | (AmberTools23-update4) |
| 22-update1 | ○ (2023/1/-)☆ | (AmberTools22-update4) | |
| 20-update13 | ◎ (2023/1/-)☆ | (configure でビルド) | |
| AutoDock | 4.2.6 | ◎ (2023/11/24) | |
| AutoDock-GPU | 1.5.3 | ◎ (2023/11/24)☆ | |
| AutoDock Vina | 1.2.5 | ◎ (2023/11/24) | |
| CP2K | 2023.1 | ○ (2023/4/6) | |
| 9.1 | ◎ (2023/1/-) | ||
| CRYSTAL | 17-1.0.2(注21) | ◎ (2023/1/-) | |
| DFTB+ | 23.1 | ◎ (2023/7/19)☆ MPI / OpenMP |
MPI 版と OMP 版を用意 |
| DIRAC | 23.0 | ○ (2023/5/8) | |
| 19.0 | ◎ (2023/1/27) | ||
| GAMESS | 2022-R2(Sep30) | ◎ (2023/1/-) | (NBO 7.0.7 有効) |
| 2021-R1(Jun30) | ○ (2023/1/-) | (NBO 7.0.7 有効) | |
| Gaussian | 16.C.02 | ◎ (2022/3/14)☆ | (NBO 7.0.10 有効) |
| 16.C.01 | ○ (2019/8/2) | (NBO 7.0.10 有効) | |
| 16.B.01 | ○ (2018/3/12) | ||
| 09.E.01 | ◎ (2015/12/24) | ||
| GENESIS | 2.0.3 | ◎ (2023/1/-)☆ CPU / GPU |
|
| GROMACS | 2023.2 | ○ (2023/8/9)☆ CPU / GPU |
|
| 2022.6 | ○ (2023/7/12)☆ CPU / GPU |
||
| 2022.4 | ○ (2023/1/-)☆ CPU / GPU |
||
| 2021.7 | ○ (2023/4/14)☆ CPU / GPU |
||
| 2021.6 | ◎ (2023/1/-)☆ CPU / GPU |
||
| 2021.4 | ○ (2023/1/-)☆ CPU / GPU |
||
| GRRM(注5) | 17 | ◎ (2021/1/27) | (マルチノード並列対応) |
| 14 | ○ (2015/7/29) | ||
| LAMMPS | 2Aug23 | ○ (2023/10/16)☆ CPU(GCC,INTEL) / GPU |
Intel MPI |
| 23Jun22 Update 2 | ◎ (2023/1/-)☆ CPU / GPU impi: CPU / GPU |
(netcdf off) | |
| ○ (2023/4/18)☆ CPU / GPU |
Intel MPI | ||
| 29Sep21 Update 3 | ○ (2023/4/18)☆ CPU / GPU |
Intel MPI | |
| 29Sep21 | ○ (2023/1/-)☆ CPU / GPU |
(netcdf off) | |
| Molpro(注2) | 2023.2.0 | △ (2023/10/11) | |
| 2023.1.0 | △ (2023/9/19) | ||
| 2022.3.0 | △ (2023/1/-) | (HPC-X) | |
| △ (2023/5/18) | (MVAPICH) | ||
| 2022.2.2 | △ (2023/1/-) | ||
| 2021.3.1 | △ (2023/5/10) | ||
| 2015.1-44 | △ (2023/1/-) | ||
| NAMD | 3.0b2 | ○ (2023/4/10)☆ | (GPU 版のみ) |
| 2.14 | ◎ (2023/1/-)☆ CPU / GPU |
||
| NBO | 7.0.10 | △ (2023/2/14) | |
| 7.0.7 | △ (2023/1/-) | ||
| NTChem | 2013.13.0.0 | ○ (2023/4/28) | |
| NWChem | 7.0.2 | ◎ (2023/3/6) | |
| 6.8 | ○ (2023/1/-) | ReactionPlus 向け | |
| OpenMM | 8.1.0 | ○ (2023/12/5) | |
| OpenMolcas | 23.06 | ○ (2023/7/25) | |
| 22.10 | ◎ (2023/3/6) | ||
| 21.10 | ○ (2023/3/6) | ||
| ORCA | 5.0.4 | ○ (2023/3/20) | (利用前に登録が必要です) |
| 5.0.3 | ◎ (2022/2/22 | ||
| 4.2.1 | ○ (2020/1/8) | ||
| Parallel CONFLEX(注9) | |||
| ProteinMPNN | △ (2023/10/26) | 2023/10/25 最新コード | |
| PSI4 | 1.7 | ◎ (2023/1/30) | |
| Quantum ESPRESSO | 7.2 | ○ (2023/4/11)☆ CPU / GPU |
|
| 6.8 | ◎ (2023/1/26)☆ CPU / GPU |
||
| ReactionPlus | 1.0 | ◎ (2018/1/22) | |
| RFdiffusion | △ (2023/10/26) | 2023/10/25 最新コード | |
| SIESTA | 4.1.5 | ◎ (2023/1/-) MPI / OpenMP |
MPI 版と OMP 版を用意 |
| TURBOMOLE(注3) | 7.7 | ○ (2023/7/18) | |
| 7.6 | ◎ (2021/12/23) | ||
| VASP(注4) | (入手不可) |
| 名前 | バージョン | 起動コマンド | 導入日 |
|---|---|---|---|
| GaussView | 6.1.1 | gview6 | △ (2019/10/29) |
| 6.0.16 | /apl/gaussian/16b01/gv/gview.sh | △ (2017/2/2) | |
| 5.0.9 | gview5 | △ (2013/3/13) | |
| Luscus | 0.8.6 | /apl/luscus/0.8.6/bin/luscus | ◎ (2023/10/4) |
| VMD | 1.9.4 alpha (2022/4/27) |
/apl/vmd/1.9.4a57/bin/vmd | ◎ (2023/1/-) |
◎: module のデフォルトバージョン。module load gaussian のようにバージョン未指定で読み込めます。
○: module で読み込む際には module load gaussian/16b01 のようにバージョンまで指定する必要があります
△: 対応する module 無し
☆: GPU版有
注意事項
(注2) molproは、2024年9月15日にライセンス失効します。毎年更新予定。
(注3) 国内にいる非営利ユーザーのみ利用可能。2024年1月にライセンス失効する。毎年更新予定。
(注4) 本センターでは導入できません。ユーザーが独自にインストールすることは可能です。
(注5) 公式マニュアルや計算科学研究センター作成の「GRRM実行サンプル解説」(GRRM14用)についてもご覧ください。
(注9) ADF, Parallel CONFLEX はライセンス費用が高額であるため、本センターでは導入できません。
(注17) NTChemを用いて得た成果を発表するときには引用義務があります。詳しくは公式ページや公式マニュアルをご覧ください。
(注21) CRYSTAL17を使用するためにはユーザー毎にライセンス同意書に署名が必要です。CRYSTAL14で登録済みの場合でも別途登録が必要です。郵送等で同意書がRCCSに届いた後、CRYSTAL17が利用可能になります。
(注22) DIRAC を使った計算を論文にする場合、このページに示されたリファレンスの引用義務があります。
| 添付 | サイズ |
|---|---|
 CRYSTAL17のライセンス同意書 | 255.88 KB |