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パッケージプログラム状態一覧

最終更新: 2023/1/25

コンパイラ・ライブラリ

システム標準のものなどの一部を除き、/apl 以下に導入されています。

名前

バージョン 備考
GCC 8.5.0* (システム標準)
9.2.1 module: gcc-toolset/9 (gcc-toolset-9)
10.3.1 module: gcc-toolset/10 (gcc-toolset-10)
11.2.1 module: gcc-toolset/11 (gcc-toolset-11)
AOCC 4.0.0* module: aocc/4.0.0
3.2.0 module: aocc/3.2.0
AOCL 4.0 module: aocl/4.0-aocc4.0 (AOCC でビルド), aocl/4.0-gcc11.2 (GCC でビルド)
3.2.0 module: aocl/3.2.0-aocc3.2 (AOCC でビルド), aocl/3.2.0-gcc11.2 (GCC でビルド)
Python [1] 3.9.13* (/usr/bin/python3)
3.6.8  
2.7.18* (/usr/bin/python2)
NVIDIA HPC SDK 22.11 module: nvhpc/22.11, nvhpc/22.11-byo, nvhpc/22.11-nompi
Intel oneAPI Toolkit [2] 2022.3.1 compiler 2022.2.1 runtime (module: compiler-rt/2022.2.1)
mkl 2022.2.1 (module: mkl/2022.2.1)
mpi 2021.7.1 (module: intelmpi/2021.7.1)
2022.1.2 compiler 2022.0.2 runtime (module: compiler-rt/2022.0.2)
mkl 2022.0.2 (module: mkl/2022.0.2)
mpi 2021.5.1 (module: intelmpi/2021.5.1)
CUDA 12.0* module: cuda/12.0
11.6 module: cuda/11.6
11.2 module: cuda/11.2
Open MPI 3.1.6 module: openmpi/3.1.6 (各コンパイラ向けのパッケージ有)
HPC-X 2.13.1 (Open MPI 4.1.5) module: openmpi/4.1.5-hpcx (各コンパイラ向けのパッケージ有)
2.11 (Open MPI 4.1.4) module: openmpi/4.1.4-hpcx (各コンパイラ向けのパッケージ有)
MVAPICH 2.3.7 module: mvapich/2.3.7 (各コンパイラ向けのパッケージ有)
Julia 1.6.7 (LTS) module: julia/1.6.7
Singularity/Apptainer 1.1.5 (singularity もしくは apptainer で呼び出し可能)

*: デフォルトのバージョン
[1]: pip install (パッケージ名) --user のようにすることで、自身のホームディレクトリにパッケージを追加することもできます。完全な独自環境が欲しい場合には、miniforge 等での構築もご検討ください。なお、conda 環境の読み込みには時間がかかる場合があります(通常は初回読み込み時のみ; lustre ファイルシステムの仕様が原因で、解消は難しいです)。特定の少数パッケージが必要な場合は pip でホームディレクトリ以下に導入することを推奨します。
[2]: 共用領域にコンパイラ本体はインストールされていません。コンパイラが必要な場合は oneAPI Base Toolkit や oneAPI HPC Toolkit をご自身のディレクトリにインストールしてください。
 

アプリケーションパッケージ

2023/1/31現在、以下のパッケージがインストールされています。(公式ページへのリンクが黒文字で表記されているものは、1/25 時点では未導入ですが、導入予定のものです)プログラムの詳しい使用法は公式のドキュメント等を参照してください。各演算ノードとフロントエンドの /apl 以下にインストールされています。ビルドに関する情報はこちらのページにまとめられています。

名前 内容
ABINIT-MP A software for fast Fragment-Molecular-Orbital (FMO) calculations.
AlphaFold AI program for predictions of protein structure.
AMBER Package of molecular simulation programs.
CP2K A quantum chemistry and solid state physics software package.
CRYSTAL General-purpose programs for the study of crystalline solids.
DCDFTBMD Huge-system quantum mechanical molecular dynamics simulation program
DIRAC(注22) Computes molecular properties using relativistic quantum chemical methods (named after P. A. M. Dirac).
GAMESS General atomic and molecular electronic structure system.
Gaussian Ab initio molecular orbital calculations.
GENESIS Molecular dynamics and modeling software for bimolecular systems such as proteins, lipids, glycans, and their complexes.
GROMACS Fast, Free and Flexible MD
GRRM Automated Exploration of Reaction Pathways.
LAMMPS Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator.
OpenMolcas Quantum chemistry software.
Molpro Complete system of ab initio programs.
NAMD Scalable molecular dynamics program.
NBO Discovery tool for chemical insights from complex wavefunctions.
NTChem(注17) Comprehensive new software of ab initio quantum chemistry made in Riken-RCCS from scratch.
NWChem Computational chemistry tools that are scalable both in their ability to treat large scientific computational chemistry problems
ORCA An ab initio quantum chemistry program package
PSI4 Open-source suite of ab initio quantum chemistry programs designed for efficient, high-accuracy simulations of a variety of molecular properties.
Quantum ESPRESSO Integrated suite of Open-Source computer codes for electronic-structure calculations and materials modeling at the nanoscale.
Reaction Plus Program to obtain the transition state and reaction path along the user’s expected reaction mechanism.
SIESTA Efficient electronic structure calculations and ab initio molecular dynamics simulations of molecules and solids
TURBOMOLE One of the fastest programs for standard quantum chemical applications.
 
GaussView Viewer for Gaussian 09 / 16.
VMD Molecular graphics viewer
パッケージプログラム名 バージョン 導入日 備考
ADF(注9)   (入手不可)  
AlphaFold 2.2.0 △ (2022/3/14)  
2.1.1 △ (2021/11/8)  
2.1.0 △ (-/-/-)  
2.0.0 (2021/8/19) △ (2021/8/23)  
2.0.0 (2021/7/20) △ (2021/7/26)  
Amber 22-update1 ○ (2023/1/-)  
20-update13 ◎ (2023/1/-) (configure でビルド)
CP2K 9.1 ◎ (2023/1/-)  
CRYSTAL 17-1.0.2(注21) ◎ (2023/1/-)  
DIRAC 19 ◎ (2023/1/27)  
GAMESS 2022-R2(Sep30) ◎ (2023/1/-) (NBO 有効)
2021-R1(Jun30) ○ (2023/1/-) (NBO 有効)
Gaussian 16.C.02 ◎ (2022/3/14) (NBO 有効)
16.C.01 ○ (2019/8/2) (NBO 有効)
09.E.01 ◎ (2015/12/24)  
GENESIS 2.0.3 ◎  (2023/1/-)  
GROMACS 2022.4 ○ (2023/1/-)  
2021.6 ◎ (2023/1/-)  
2021.4 ○ (2023/1/-)  
GRRM(注5) 17 (2021/1/27) (マルチノード並列対応)
14 ○ (2015/7/29)  
LAMMPS 23Jun22 ◎ (2023/1/-) (netcdf off)
29Sep21 ○ (2023/1/-) (netcdf off)
Molpro(注2) 2022.3.0 △ (2023/1/-)  
2022.2.2 △ (2023/1/-)  
2015.1-44 △ (2023/1/-)  
NAMD 2.14 ◎ (2023/1/-)  
NBO 7.0.7 △ (2023/1/-)  
NWChem 7.0.2 ◎ (2023/1/-)  
6.8 ○ (2023/1/-) ReactionPlus 向け
OpenMolcas 22.10 ◎ (2023/1/-)  
21.10 ○ (2023/1/-)  
ORCA 5.0.3 ◎ (2022/2/22) (利用前に登録が必要です)
4.2.1 ○ (2020/1/8)
Parallel CONFLEX(注9)      
PSI4 1.7 ◎ (2023/1/30)  
Quantum ESPRESSO 6.8 ◎ (2023/1/26)  
ReactionPlus 1.0 ◎ (2018/1/22)  
SIESTA 4.1.5 ◎ (2023/1/-) MPI 版と OMP 版を用意
TURBOMOLE(注3) 7.6 ◎ (2021/12/23)  
VASP(注4)   (入手不可)  
名前 バージョン 起動コマンド 導入日
GaussView 6.1.1 gview6 △ (2019/10/29)
6.0.16 /apl/gaussian/16b01/gv/gview.sh △ (2017/2/2)
5.0.9 gview5 △ (2013/3/13)
VMD 1.9.4 alpha
(2022/4/27)
/apl/vmd/1.9.4a57/bin/vmd ◎ (2023/1/-)

◎: module のデフォルトバージョン。module load gaussian のようにバージョン未指定で読み込めます。
○: module で読み込む際には module load gaussian/16b01 のようにバージョンまで指定する必要があります
△: 対応する module 無し
☆: GPU版有

注意事項

(注2) molproは、2023年9月15日にライセンス失効します。毎年更新予定。
(注3) 国内にいる非営利ユーザーのみ利用可能。2024年1月にライセンス失効する。毎年更新予定。
(注4) 本センターでは導入できません。ユーザーが独自にインストールすることは可能です。
(注5) 公式マニュアルや計算科学研究センター作成の「GRRM実行サンプル解説」(GRRM14用)についてもご覧ください。
(注9) ADF, Parallel CONFLEX はライセンス費用が高額であるため、本センターでは導入できません。

(注17) NTChemを用いて得た成果を発表するときには引用義務があります。詳しくは公式ページ公式マニュアルをご覧ください。
(注21) CRYSTAL17を使用するためにはユーザー毎にライセンス同意書に署名が必要です。CRYSTAL14で登録済みの場合でも別途登録が必要です。郵送等で同意書がRCCSに届いた後、CRYSTAL17が利用可能になります。
(注22) DIRAC を使った計算を論文にする場合、このページに示されたリファレンスの引用義務があります。

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PDF アイコン CRYSTAL17のライセンス同意書255.88 KB