パッケージプログラム状態一覧(分子科学)

最終更新: 2025/4/18

コンパイラ・ライブラリ

システム標準のものなどの一部を除き、/apl 以下に導入されています。
基礎生物学分野のパッケージについてはこちらのページをご参照ください。

名前バージョン備考
GCC8.5.0*(システム標準)
9.2.1module: gcc-toolset/9 (gcc-toolset-9)
10.3.1module: gcc-toolset/10 (gcc-toolset-10)
11.2.1module: gcc-toolset/11 (gcc-toolset-11)
12.2.1module: gcc-toolset/12 (gcc-toolset-12)
13.3.1module: gcc-toolset/13 (gcc-toolset-13)
14.2.1module: gcc-toolset/14 (gcc-toolset-14)
AOCC5.0.0module: aocc/5.0.0
4.2.0module: aocc/4.2.0
4.1.0module: aocc/4.1.0
4.0.0module: aocc/4.0.0
3.2.0module: aocc/3.2.0
AOCL5.0.0module: aocl/5.0.0-aocc5.0 (AOCC でビルド), aocl/5.0.0-gcc13.2 (GCC でビルド)
4.2.0module: aocl/4.2.0-aocc4.2 (AOCC でビルド), aocl/4.2.0-gcc13.1 (GCC でビルド)
4.1.0module: aocl/4.1.0-aocc4.1 (AOCC でビルド), aocl/4.1.0-gcc13.1 (GCC でビルド)
4.0module: aocl/4.0-aocc4.0 (AOCC でビルド), aocl/4.0-gcc11.2 (GCC でビルド)
3.2.0module: aocl/3.2.0-aocc3.2 (AOCC でビルド), aocl/3.2.0-gcc11.2 (GCC でビルド)
Python [1]3.6.8*(/usr/bin/python3)
2.7.18*(/usr/bin/python2)
3.11.11(/usr/bin/python3.11)
3.9.20(/usr/bin/python3.9)
3.12.9miniforge3 環境(/apl/conda/20250310; conda_init.sh か conda_init.csh を source してください)
3.10.13 (base)
3.12.2 (gpuenv)		miniforge3 環境(/apl/conda/20240305; conda_init.sh か conda_init.csh を source してください)
3.10.9miniforge3 環境(/apl/conda/20230214; conda_init.sh か conda_init.csh を source してください)
NVIDIA HPC SDK25.3module: nvhpc/25.3, nvhpc/25.3-byo, nvhpc/25.3-nompi
24.9module: nvhpc/24.9, nvhpc/24.9-byo, nvhpc/24.9-nompi
24.3module: nvhpc/24.3, nvhpc/24.3-byo, nvhpc/24.3-nompi
23.9module: nvhpc/23.9, nvhpc/23.9-byo, nvhpc/23.9-nompi
23.5module: nvhpc/23.5, nvhpc/23.5-byo, nvhpc/23.5-nompi
22.11module: nvhpc/22.11, nvhpc/22.11-byo, nvhpc/22.11-nompi
Intel oneAPI Compiler Runtime [2]2025.1.0, 2025.0.4, 2025.0, 2024.2.1, 2024.2, 2024.1.0, 2024.0.2, 2024.0, 2023.2.0, 2023.1.0, 2023.0.0, 2022.2.1, 2022.0.2module: compiler-rt/(version)
Intel MKL2025.1.0, 2025.0.0.1, 2025.0, 2024.2, 2024.1, 2024.0, 2023.2.0, 2023.1.0, 2023.0.0, 2022.2.1, 2022.0.2module: mkl/(version)

2025.0.0.1 =>
(major 2025, minor 0, update 0, patch 1; 2025.0.1 と表記すべき？)
Intel MPI2021.15, 2021.14.1, 2021.14, 2021.13, 2021.12, 2021.11, 2021.10.0, 2021.9, 2021.8, 2021.7.1, 2021.5.1module: intelmpi/(version)
CUDA12.8 Update 1module: cuda/12.8u1
12.6 Update 2module: cuda/12.6u2
12.4 Update 1module: cuda/12.4u1
12.2 Update 2*module: cuda/12.2u2
12.1 Update 1module: cuda/12.1u1
12.0module: cuda/12.0
11.6module: cuda/11.6
11.2module: cuda/11.2
Open MPI5.0.6, 5.0.5, 5.0.1
4.1.8, 4.1.6, 4.1.5,
3.1.6		module: openmpi/(バージョン) (各コンパイラ向けのパッケージ有)
HPC-X2.16 (Open MPI 4.1.5)module: openmpi/4.1.5-hpcx2.16 (各コンパイラ向けのパッケージ有)
2.13.1 (Open MPI 4.1.5)module: openmpi/4.1.5-hpcx (各コンパイラ向けのパッケージ有)
2.11 (Open MPI 4.1.4)module: openmpi/4.1.4-hpcx (各コンパイラ向けのパッケージ有)
MVAPICH4.0, 3.0, 2.3.7module: mvapich/(バージョン) (GCC, AOCC 向けパッケージ有り)
Julia1.11.3, 1.10.0, 1.8.5,
1.10.8 (LTS), 1.6.7 (LTS)		module: julia/(version)
Apptainer/Singularity1.3.6(singularity もしくは apptainer で呼び出し可能)

*: デフォルトのバージョン
[1]: pip3 install (パッケージ名) --user のようにすることで、自身のホームディレクトリにパッケージを追加することもできます。完全な独自環境が欲しい場合には、miniforge 等での構築もご検討ください。なお、conda 環境の読み込みには時間がかかる場合があります(通常は初回読み込み時のみ; lustre ファイルシステムの仕様が原因で、解消は難しいです)。特定の少数パッケージが必要な場合は pip3 でホームディレクトリ以下に導入することを推奨します。
[2]: 共用領域にコンパイラ本体はインストールされていません。コンパイラが必要な場合は oneAPI Base Toolkit や oneAPI HPC Toolkit をご自身のディレクトリにインストールしてください。
 

アプリケーションパッケージ

以下のパッケージがインストールされています。(公式ページへのリンクが黒文字で表記されているものは、1/25 時点では未導入ですが、導入予定のものです)プログラムの詳しい使用法は公式のドキュメント等を参照してください。各計算ノードとログインサーバーの /apl 以下にインストールされています。ビルドに関する情報はこちらのページにまとめられています。

名前内容
ABINIT-MPA software for fast Fragment-Molecular-Orbital (FMO) calculations.
AlphaFoldAI program for predictions of protein structure.
AMBERPackage of molecular simulation programs.
CENSOProgram for evaluating structure ensembles at DFT level. 
CP2KA quantum chemistry and solid state physics software package.
CRESTA program for the automated exploration of the low-energy molecular chemical space.
CRYSTALGeneral-purpose programs for the study of crystalline solids.
DFTB+Fast and efficient versatile quantum mechanical simulation software package
DIRAC(注22)Computes molecular properties using relativistic quantum chemical methods (named after P. A. M. Dirac).
GAMESSGeneral atomic and molecular electronic structure system.
GaussianAb initio molecular orbital calculations.
GENESISMolecular dynamics and modeling software for bimolecular systems such as proteins, lipids, glycans, and their complexes.
GROMACSFast, Free and Flexible MD
GRRMAutomated Exploration of Reaction Pathways.
LAMMPSLarge-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator.
OpenMolcasQuantum chemistry software.
MolproComplete system of ab initio programs.
NAMDScalable molecular dynamics program.
NBODiscovery tool for chemical insights from complex wavefunctions.
NTChem(注17)Comprehensive new software of ab initio quantum chemistry made in Riken-RCCS from scratch.
NWChemComputational chemistry tools that are scalable both in their ability to treat large scientific computational chemistry problems

OpenBabel

Chemical toolbox designed to speak the many languages of chemical data
ORCAAn ab initio quantum chemistry program package
PSI4Open-source suite of ab initio quantum chemistry programs designed for efficient, high-accuracy simulations of a variety of molecular properties.
Quantum ESPRESSOIntegrated suite of Open-Source computer codes for electronic-structure calculations and materials modeling at the nanoscale.
Reaction PlusProgram to obtain the transition state and reaction path along the user’s expected reaction mechanism.
SIESTAEfficient electronic structure calculations and ab initio molecular dynamics simulations of molecules and solids
TURBOMOLEOne of the fastest programs for standard quantum chemical applications.
 
GaussViewViewer for Gaussian 09 / 16.
MoldenVisualization program of molecular and structure.
VMDMolecular graphics viewer
パッケージプログラム名バージョン導入日備考
ABCluster3.0○ (2023/11/28) 
ABINIT-MPv2r8○ (2025/1/7) 
v2r4○ (2023/2/21) 
v1r22○ (2023/2/21) 
ADF(注9) (入手不可) 
AlphaFold3.0.0
(2025/1/16)		△ (2025/1/16)推論部 GPU 必須。
モデルパラメータは各自で申請、
ダウンロードする必要有り
3.0.0
(2024/11/26)		△ (2024/11/26)(同上)
2.3.2△ (2024/2/8)☆ 
2.3.1△ (2023/2/6)☆ 
2.2.0△ (2022/3/14)☆ 
2.1.1△ (2021/11/8)☆ 
2.1.0△ (-/-/-)☆ 
2.0.0 (2021/8/19)△ (2021/8/23)☆ 
2.0.0 (2021/7/20)△ (2021/7/26)☆ 
Amber24-update3○ (2025/3/6)☆module コマンドの挙動に注意;
導入詳細末尾のメモ参照
(AmberTools24-update8)
24-update1○ (2024/6/11)☆(AmberTools24-update2)
22-update4○ (2023/8/25)☆(AmberTools23-update4)
22-update1○ (2023/1/-)☆(AmberTools22-update4)
20-update13○ (2023/1/-)☆(configure でビルド)
AutoDock4.2.6○ (2023/11/24) 
AutoDock-GPU1.5.3○ (2023/11/24)☆ 
AutoDock Vina1.2.5○ (2023/11/24) 
CENSO1.2.0○ (2024/5/22)(バイナリ版)
ENSO 2.0.2 の anmr と
nmrplot.py を手動で追加
ColabFold1.5.5○ (2024/2/16)ローカル DB を使用

CP2K

2024.3

○ (2024/10/24)

 
2024.2○ (2024/8/22) 
2023.1○ (2023/4/6) 
9.1○ (2023/1/-) 
CREST3.0.1○ (2024/5/21) 
CRYSTAL23-1.0.1○ (2024/7/19)(注21)
17-1.0.2○ (2023/1/-)
Dalton2020.1○ (2024/11/8) 
DFTB+23.1○ (2023/7/19)☆
MPI / OpenMP		MPI 版と OMP 版を用意
DIRAC23.0○ (2023/5/8) 
19.0○ (2023/1/27) 

GAMESS

2024-R2(Jul15)

○ (2024/10/31)

(NBO 7.0.10 有効)

2023-R2(Sep30)○ (2023/12/7)(NBO 7.0.10 有効)
2022-R2(Sep30)○ (2023/1/-)(NBO 7.0.7 有効)
2021-R1(Jun30)○ (2023/1/-)(NBO 7.0.7 有効)
Gaussian16.C.02○ (2022/3/14)☆(NBO 7.0.10 有効)
16.C.01○ (2019/8/2)(NBO 7.0.10 有効)
16.B.01○ (2018/3/12) 
09.E.01○ (2015/12/24) 
GENESIS2.1.4○ (2025/1/10)☆
CPU / GPU		 
2.1.2○ (2024/1/16)☆
CPU / GPU		 
2.0.3○ (2023/1/-)☆
CPU / GPU		 
GROMACS2024.5○ (2025/1/27)☆
CPU / GPU		 
2024.4○ (2024/11/5)☆
CPU / GPU		 
2024.2○ (2024/5/16)☆
CPU / GPU		 
2023.5○ (2024/5/7)☆
CPU / GPU		 
2023.4○ (2024/1/26)☆
CPU / GPU		 
2023.2○ (2023/8/9)☆
CPU / GPU		 
2022.6○ (2023/7/12)☆
CPU / GPU		 
2022.4○ (2023/1/-)☆
CPU / GPU		 
2021.7○ (2023/4/14)☆
CPU / GPU		 
2021.6○ (2023/1/-)☆
CPU / GPU		 
2021.4○ (2023/1/-)☆
CPU / GPU		 
GRRM23〇 (2024/1/11)利用には申請が必要です。
(マルチノード並列対応)
17(注5)○ (2021/1/27)(マルチノード並列対応)
14○ (2015/7/29) 
LAMMPS29Aug2024 Update 2○ (2025/4/18)☆
CPU(GCC,INTEL) / GPU		 
29Aug2024 Update 1○ (2025/2/21)☆
CPU(GCC,INTEL) / GPU		 
29Aug2024○ (2024/9/6)☆
CPU(GCC,INTEL) / GPU		 
2Aug23○ (2023/10/16)☆
CPU(GCC,INTEL) / GPU		Intel MPI
23Jun22 Update 2○ (2023/1/-)☆
CPU / GPU		(netcdf off)
○ (2023/4/18)☆
CPU / GPU		Intel MPI
29Sep21 Update 3○ (2023/4/18)☆
CPU / GPU		Intel MPI
29Sep21○ (2023/1/-)☆
CPU / GPU		(netcdf off)
LigandMPNN △ (2024/3/27)☆2024/3/27 最新コード

Molpro(注2)

2025.1.0

△ (2025/3/14)

 

2024.3.0△ (2024/11/15) 
2024.2.0△ (2024/9/9) 
2024.1.0△ (2024/3/11) 
2023.2.0△ (2023/10/11) 
2023.1.0△ (2023/9/19) 
2022.3.0△ (2023/1/-)(HPC-X)
△ (2023/5/18)(MVAPICH)
2022.2.2△ (2023/1/-) 
2021.3.1△ (2023/5/10) 
2015.1-44△ (2023/1/-) 
NAMD3.0.1○ (2024/10/31)☆
MPI / SMP / SMP+CUDA		 
3.0○ (2024/7/5)☆
MPI / SMP / SMP+CUDA		 
3.0b7○ (2024/5/23)☆
MPI / SMP / SMP+CUDA		 
3.0b6○ (2024/3/6)☆
MPI / SMP / SMP+CUDA		 
3.0b2○ (2023/4/10)☆(GPU 版のみ)
2.14○ (2023/1/-)☆
CPU / GPU		 
NBO7.0.10△ (2023/2/14) 
7.0.7△ (2023/1/-) 
NTChem2013.13.0.0○ (2023/4/28) 
NWChem7.2.3○ (2025/2/27)
GCC / IntelClassic		 
7.2.2○ (2024/3/5)☆
CPU / GPU		 
7.0.2○ (2023/3/6) 
6.8○ (2023/1/-)ReactionPlus 向け
OmegaFold1.1.0○ (2024/6/12)☆ 

OpenBabel

3.1.1

○ (2025/3/10)

 
OpenMM8.2.0○ (2025/3/6) 
8.1.0○ (2023/12/5) 

OpenMolcas

24.10

○ (2024/11/18)

 

23.06○ (2023/7/25) 
22.10○ (2023/3/6) 
21.10○ (2023/3/6) 
ORCA6.0.1○ (2024/11/6)(利用前に登録が必要です)
5.0.4○ (2023/3/20)
5.0.3○ (2022/2/22
4.2.1○ (2020/1/8)
Parallel CONFLEX(注9)   
ProteinMPNN △ (2023/10/26)☆2023/10/25 最新コード
PSI41.9.1○ (2024/3/5) 
1.7○ (2023/1/30) 

Quantum ESPRESSO

7.4.1○ (2025/2/12)☆
CPU / GPU		 
7.4○ (2025/1/24)☆
CPU / GPU		 

7.3

○ (2024/2/6)☆
CPU / GPU

 
7.2○ (2023/4/11)☆
CPU / GPU		 
6.8○ (2023/1/26)☆
CPU / GPU		 
ReactionPlus1.0○ (2018/1/22) 
RFdiffusion △ (2023/10/26)☆2023/10/25 最新コード
RFDiffusion AA △ (2024/3/27)☆2024/3/27 最新コード
SIESTA5.2.2○ (2025/2/19) 
5.0.1○ (2024/7/4)
OpenMPI / IntelMPI		Open MPI 版と Intel MPI 版を用意
5.0.0○ (2024/5/29)
OpenMPI / IntelMPI		Open MPI 版と Intel MPI 版を用意
4.1.5○ (2023/1/-)
MPI / OpenMP		MPI 版と OMP 版を用意
TURBOMOLE(注3)7.9○ (2024/12/12)☆ 
7.8.1○ (2024/11/12)☆ 
7.8○ (2023/12/18)☆ 
7.7○ (2023/7/18)☆ 
7.6○ (2021/12/23) 
VASP(注4) (入手不可) 
xTB6.7.1○ (2025/3/5) 
6.7.0○ (2024/5/7) 
6.5.1○ (2024/5/22) 

X11 転送が可能であれば以下の GUI アプリケーションもログインサーバーで利用可能です。X11 転送は Windows ならば MobaXterm が一番手軽かと思います。(WSLg, Xming, VcXsrv なども使えるかもしれません。) mac ならば XQuartz を導入、起動した上で ssh に -XY オプションを追加した上で接続すれば利用できます。

名前バージョン起動コマンド導入日
GaussView6.1.1gview6△ (2019/10/29)
6.0.16/apl/gaussian/16b01/gv/gview.sh△ (2017/2/2)
5.0.9gview5△ (2013/3/13)
iMolpro1.0.1/apl/imolpro/1.0.1/bin/imolpro-*○ (2024/3/8)
Luscus0.8.6/apl/luscus/0.8.6/bin/luscus○ (2023/10/4)
Molden7.2.1/apl/molden/7.2.1/bin/molden○ (2023/2/6)
VMD1.9.4 alpha
(2022/4/27)		/apl/vmd/1.9.4a57/bin/vmd○ (2023/1/-)
XCrySDen1.6.2module load xcrysden/1.6.2 実行後に
xcrysden		○ (2024/8/23)

○: module 有り
△: 対応する module 無し
☆: GPU版有

注意事項

(注2) molproは、2025年9月15日にライセンス失効します。毎年更新予定。
(注3) 国内にいる非営利ユーザーのみ利用可能。2026年2月にライセンス失効する。毎年更新予定。
(注4) 本センターでは導入できません。ユーザーが独自にインストールすることは可能です。
(注5) 公式マニュアルや計算科学研究センター作成の「GRRM実行サンプル解説」(GRRM14用)についてもご覧ください。
(注9) ADF, Parallel CONFLEX はライセンス費用が高額であるため、本センターでは導入できません。

(注17) NTChemを用いて得た成果を発表するときには引用義務があります。詳しくは公式ページや公式マニュアルをご覧ください。
(注21) CRYSTALを使用するためにはバージョン、ユーザー毎にライセンス同意書に署名が必要です。CRYSTAL17で登録済みの場合でもCRYSTAL23を使うためには別途登録が必要です。郵送等で同意書がRCCSに届いた後、CRYSTAL23 or/and CRYSTAL17が利用可能になります。(CRYSTAL23ライセンス同意書) (CRYSTAL17ライセンス同意書)
(注22) DIRAC を使った計算を論文にする場合、このページに示されたリファレンスの引用義務があります。

添付 サイズ
CRYSTAL17のライセンス同意書 255.58 KB
CRYSTAL23のライセンス同意書 314 KB
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