現在地

■ ホーム » 計算機利用の手引き

パッケージプログラム状態一覧

コンパイラ・ライブラリ

2022/7/15時点の状態です。システム標準のものなどの一部を除き、/local/apl/lx 以下に導入されています。

名前

 バージョン 備考
Intel Parallel Studio XE
(module: intel_parallelstudio/?)		 2020 update 2 icc 19.1.2
icpc 19.1.2
ifort 19.1.2
impi 2019.0.8 (2019.8.254)
2019 update 5 icc 19.0.5
icpc 19.0.5
ifort 19.0.5
impi 2019.0.5 (2019.5.281)
2019 update 1 icc 19.0.1.144
icpc 19.0.1.144
ifort 19.0.1.144
impi 2019 Update 1 (2019.1.144)
2018 update 4* icc 18.0.5
icpc 18.0.5
ifort 18.0.5
impi 2018.0.4
2018 update 2 icc 18.0.2
icpc 18.0.2
ifort 18.0.2
impi 2018.0.2
2017 update 8 icc 17.0.8
icpc 17.0.8
ifort 17.0.8
impi 2017.0.4
2017 update 4 icc 17.0.4
icpc 17.0.4
ifort 17.0.4
impi 2017.0.3
2015 update 1 icc 15.0.1
icpc 15.0.1
ifort 15.0.1
impi 5.0 Update 2
NVIDIA HPC SDK
(module: nvhpc/?)		 21.9 nvc 21.9
nvc++ 21.9
nvfortran 21.9
nvcc 11.4 (CUDA 11.4)
GCC
(module: scl/devtoolset-?)		 4.8.5*  
10.2.1 Devtoolset-10 Software Collections[2]
9.3.1 Devtoolset-9 Software Collections[2]
8.3.1 Devtoolset-8 Software Collections[2]
7.3.1 Devtoolset-7 Software Collections[2]
6.3.1 Devtoolset-6 Software Collections[2]
5.3.1 Devtoolset-4 Software Collections[2]
4.9.2 Devtoolset-3 Software Collections[2]
PGI Compilers and Tools
(module: pgi/?)		 20.4-0*  
18.1-1  
17.5-0  
16.5-0  
CUDA
(nvcc; module: cuda/?)		 11.6.112  
11.4.100 (NVIDIA HPC SDK 21.9 内のもの)
11.1.105*  
10.1.243  
9.1.85  
8.0.61  
Python[1] 3.6.8 (python3のデフォルトバージョン)
3.4.10  
2.7.5*  
3.9.9 (miniforge3) (base) numpy-1.22.0, tensorflow-2.4.1, pytorch-1.9.1
(gpuenv) numpy-1.19.5, cudatoolkit-11.1.1, tensorflow-2.6.0, pytorch-1.10.1
3.7.7 (Anaconda3-2020.02) (base) numpy-1.18.1, tensorflow-2.1.0, pytorch-1.5.0
(gpuenv) numpy-1.18.1, cudatoolkit-10.1.243, tensorflow-2.1.0, pytorch-1.5.0
3.7.3 (Anaconda3-2019.03) (base) numpy-1.16.4, tensorflow-1.14.0, pytorch-cpu-1.1.0
(chainer_gpu) numpy-1.16.4, cudatoolkit-9.0, chainer-5.3.0
(pytorch_gpu) numpy-1.16.4, cudatoolkit-9.0, pytorch-1.1.0
(tensorflow_gpu) numpy-1.16.2, cudatoolkit-9.0, tensorflow-1.13.1
2.7.16 (Anaconda2-2019.03) (base) numpy-1.16.4, tensorflow-1.14.0, pytorch-cpu-1.1.0
(chainer_gpu) numpy-1.16.4, cudatoolkit-9.0, chainer-5.3.0
(pytorch_gpu) numpy-1.16.4, cudatoolkit-9.0, pytorch-1.1.0
(tensorflow_gpu) numpy-1.16.2, cudatoolkit-9.0, tensorflow-1.13.1
Julia 1.7.2 /local/apl/lx/julia-1.7.2/bin/julia
1.5.3 /local/apl/lx/julia-1.5.3/bin/julia
1.3.1 /local/apl/lx/julia-1.3.1/bin/julia
Open MPI 4.0.2 (mpi1, cxx サポート有り)
4.0.0 (cxx サポート有り)
3.1.0  
2.1.3  
Singularity 3.7.1  

*: デフォルトのバージョン
[1]: pip install (パッケージ名) --user のようにすることで、自身のホームディレクトリにパッケージを追加することもできます。完全な独自環境が欲しい場合には、miniforge 等での構築もご検討ください。なお、conda 環境の読み込みには時間がかかる場合があります(通常は初回読み込み時のみ; lustre ファイルシステムの仕様が原因で、解消は難しいです)。特定の少数パッケージが必要な場合は pip でホームディレクトリ以下に導入することを推奨します。
[2]: /opt/rh/devtoolset-(数字) 以下に実体があります。module load scl/devtoolset-6 のように読み込むと(devtoolset-6; gcc-6.3.1 の場合)、比較的簡単に利用できます。
 

アプリケーションパッケージ

2022/6/6現在、以下のパッケージがインストールされています。プログラムの詳しい使用法は、ドキュメント等を参照してください。各演算ノードとフロントエンドの/local/apl/lx/以下にインストールされています。ビルドに関する情報はこちらのページにまとめられています。

名前 内容
ABINIT Package for material science within density functional theory, using a plane wave basis set and pseudopotentials.
ABINIT-MP A software for fast Fragment-Molecular-Orbital (FMO) calculations.
AlphaFold AI program for predictions of protein structure.
AMBER Package of molecular simulation programs.
AutoDock Suite of automated docking tools.
CP2K A quantum chemistry and solid state physics software package.
CRYSTAL General-purpose programs for the study of crystalline solids.
DCDFTBMD Huge-system quantum mechanical molecular dynamics simulation program
DIRAC Computes molecular properties using relativistic quantum chemical methods (named after P. A. M. Dirac).
GAMESS General atomic and molecular electronic structure system.
Gaussian Ab initio molecular orbital calculations.
GENESIS Molecular dynamics and modeling software for bimolecular systems such as proteins, lipids, glycans, and their complexes.
GROMACS Fast, Free and Flexible MD
GRRM Automated Exploration of Reaction Pathways.
LAMMPS Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator.
OpenMolcas Quantum chemistry software.
Molpro Complete system of ab initio programs.
NAMD Scalable molecular dynamics program.
NBO/NBOView Discovery tool for chemical insights from complex wavefunctions.
NTChem(注17) Comprehensive new software of ab initio quantum chemistry made in AICS from scratch.
NWChem Computational chemistry tools that are scalable both in their ability to treat large scientific computational chemistry problems
ORCA An ab initio quantum chemistry program package
PSI4 Open-source suite of ab initio quantum chemistry programs designed for efficient, high-accuracy simulations of a variety of molecular properties.
Quantum ESPRESSO Integrated suite of Open-Source computer codes for electronic-structure calculations and materials modeling at the nanoscale.
Reaction Plus Program to obtain the transition state and reaction path along the user’s expected reaction mechanism.
SIESTA Efficient electronic structure calculations and ab initio molecular dynamics simulations of molecules and solids
SMASH Scalable Molecular Analysis Solver for High performance computing systems
TURBOMOLE One of the fastest programs for standard quantum chemical applications.
 
GaussView Viewer for Gaussian 09 / 16.
Luscus A portable GUI for MOLCAS and other quantum chemical software.
Molden Visualization program of molecular and structure.
VMD Molecular graphics viewer
パッケージプログラム名 バージョン 導入日 備考
ABINIT 8.8.3 ◎ (2018/7/10)  
7.8.2 －  
ABINIT-MP Ver2-Rev4 ○ (2021/10/19)  
Ver1-Rev22 ○ (2021/10/19)  
ADF(注9)   (入手不可)  
AlphaFold 2.2.0 (20220311) ○ (2022/3/14)☆  
2.1.1 (20211106) ○ (2021/11/8)☆  
2 (20210819) ○ (2021/8/23)☆ (2021/8/19 最新)
2 (20210720) ○ (2021/7/26)☆ (2021/7/20 最新)
Amber 22 (update0) ○ (2022/6/6)☆ P100, V100 対応
20-update12 ○ (2022/1/17)☆ P100, V100 対応
20-update9 ○ (2021/2/24)☆ P100, V100 対応
20-update0 ○ (2020/6/9)☆ P100, V100 対応
18-bugfix16 ◎ (2019/9/10)☆ P100, V100 対応
18-bugfix12 ○ (2019/2/14)☆ P100, V100 対応
18-bugfix11-volta ○ (2019/2/14)☆ V100 対応
18-bugfix1 ○ (2018/6/4)☆ P100, V100 対応
16-bugfix15 ○ (2018/7/25)☆ P100 対応
16-bugfix10 ○ (2017/10/01)☆ P100 対応
14-bugfix11 ○ (2015/7/21)  
12-bugfix21 ○ (2013/12/10)  
AutoDock 4.2.6 －  
CP2K 9.1 ◎ (2022/2/1) COSMA 無し
8.2.0 ○ (2021/6/22) ELPA, COSMA 無し
8.1.0 (導入見送り) 前バージョンと比較して明確に速度が出ない。
(COSMA を外した条件でも10-20%(gcc)/3割程度(インテル)遅い)
7.1.0 ○ (2020/2/27)‖
intel/gnu		  
6.1.0 ○ (2018/11/22)☆‖
intel/gnu		 P100, V100 対応
CRYSTAL 17-1.0.2(注21) ○ (2020/1/27)  
14-1.0.4(注18) ○ (2016/5/11)  
DCDFTBMD 2.0 ○ (2022/3/1) (文献情報についてはこちらをご参照ください(要ログイン))
DIRAC(注19) 19.0 ◎ (2021/5/19)  
18.0 ○ (2019/5/14)  
GAMESS 2021-R1(Jun30) ◎ (2021/8/19)△  
2020-R1(Jun30) ○ (2020/8/19)△  
2019-R2(Sep30) ○ (2019/12/13)△  
2018-Sep30 ○ (2018/11/9)▲  
2018-Feb14 ○ (2018/3/19)▲  
2017-Npv11 ○ (2017/12/15)  
2017-Apr20 ○ (2017/10/1) exam13.inpのテストを並列実行するとFailedとなります。
並列計算時に高次のElectrostatic Momentsが結果不正となるバグ（開発元に報告済み）が原因です。
Gaussian 16.C.02 ◎ (2022/3/14)☆▲△ P100, V100 対応
16.C.01 ○ (2019/8/2)☆▲△ P100, V100 対応
16.B.01 ○ (2018/3/12)☆▲ P100 対応
16.A.03 ○ (2017/2/13)▲  
09.E.01 ◎ (2015/12/24)  
09.D.01 ○ (2013/7/25)▲  
09.C.01 ○ (2012/2/1)  
09.B.01 ○ (2012/2/7)  
GENESIS 1.7.0 ◎  (2021/10/22)☆
cpu/gpu		 P100★, V100★ 対応
1.6.0 ○  (2020/12/28)☆
cpu/gpu		 P100★, V100★ 対応
1.4.0 ○  (2019/11/21)☆
cpu/gpu		 P100★, V100★ 対応
1.3.0 ○  (2018/9/4)☆
cpu/gpu		 P100★, V100★ 対応
1.1.6 ○ (2017/12/13)☆
cpu/gpu		 P100★, V100★ 対応
1.1.5 ○  (2017/8/4)  
GROMACS 2021.4 ◎ (2021/11/10)☆‖
GNU: cpu/gpu
Intel: cpu/gpu		 P100, V100 対応
2021.2 ○ (2021/5/13)☆‖
GNU: cpu/gpu
Intel: cpu/gpu		 P100, V100 対応
2020.7 ○ (2022/2/16)☆‖
Intel: cpu/gpu
GNU: cpu/gpu		 P100, V100 対応
2020.6 ○ (2021/3/8)☆‖
Intel: cpu/gpu
GNU: cpu/gpu		 P100, V100 対応
2020.4 ○ (2020/10/12)☆‖
I:c/I:g/G:c/G:g		 P100, V100 対応
2020.2 ○ (2020/5/13)☆‖
I:c/I:g/G:c/G:g		 P100, V100 対応
2019.6 ○ (2020/3/5)☆‖
I:c/I:g/G:c/G:g		 P100, V100 対応
2019.4 ○ (2019/10/8)☆‖
I:c/I:g/G:c/G:g		 P100, V100 対応
2019.2 ○ (2019/4/18)☆‖
I:c/I:g/G:c/G:g		 P100, V100 対応
2018.8 ○ (2019/10/8)☆‖
I:c/I:g/G:c/G:g		 P100, V100 対応
2018.7 ○ (2019/7/19)☆‖
I:c/I:g/G:c/G:g		 P100, V100 対応
2018.6 ○ (2019/3/27)☆‖
I:c/I:g/G:c/G:g		 P100, V100 対応
2018.3 ○ (2018/9/4)☆‖
I:c/I:g/G:c/G:g		 P100, V100 対応
2018.1(注14) ○ (2018/4/17)‖
I:c/G:c		 GPU版はインテル版、GCC版の両方について、一部のテストでエラーが発生するため、インストールしていません。(エラー内容はそれぞれ別です)
2016.6 ○ (2019/2/22)☆‖
I:c/I:g/G:c/G:g		 P100, V100 対応
2016.5 ○ (2018/4/17)☆‖
I:c/I:g/G:c/G:g		 P100, V100★ 対応
2016.4 ○ (2017/10/01)☆ P100, V100★ 対応
2016.3 ○ (2017/3/16)☆ P100, V100★ 対応
2016.1 ○ (2017/2/2)☆ P100, V100★ 対応
5.1.5 ○ (2018/4/17)☆‖
I:c/I:g/G:c/G:g		 P100, V100★ 対応
インテルコンパイラ版では微妙な数値誤差の影響で SelectionCollectionDataTest.HandlesCharge ユニットテストが失敗します。
5.1.4 ○ (2018/1/19)☆ P100, V100★ 対応
4.5.5 ○ (2012/6/12)☆  
GRRM(注5) 17 ◎ (2021/1/27) (マルチノード並列対応)
14 ○ (2015/7/29)  
11 ○ (2012/9/26)  
LAMMPS 29Sep21 ◎ (2021/10/13)☆
cpu/gpu		 P100, V100★ 対応
29Oct20 ○ (2021/3/5)☆
cpu/gpu		 P100, V100★ 対応
7Aug19 ○ (2019/11/14)☆
cpu/gpu		 P100, V100★ 対応
22Aug18 ○ (2018/11/6)☆ P100 対応(lmp_rccs_gpu)
V100 対応(lmp_rccs_volta)
16Mar18(注15) ○ (2018/5/10)☆‖
Intel: cpu/gpu
GNU: cpu/gpu		 (2018/7/4 更新), P100 対応
Molcas 8.2 (2020/1/30 公開停止)  
Molpro(注2,注8) 2022.2.2 ○ (2022/7/15) slater 対応無し (最新commit: 2022/6/8 11:34:24 +0200)
2021.3.1 ◎ (2021/11/29) slater 対応無し (最新commit: 2021/11/23 17:31:27 +0100)
2021.1.0 ○ (2021/5/21) (最新commit: 2021/5/12 17:52:32 +0100)
2020.1.2 ○ (2020/10/20)‖
gnu/intel		 (pdf 化した公式マニュアル@2020/11/12)
2019.2.3 ○ (2019/12/10)  
2019.1.2 ○ (2019/4/16)  
2018.2 ○ (2018/12/20)  
2015.1-44 ○ (2021/7/14)  
2015.1-33 ○ (2018/6/12)  
2015.1-27 ○ (2017/12/14)  
2015.1-19 ○ (2017/10/1)  
2012.1-37 ○ (2016/4/19)  
NAMD 2.13 ◎ (2018/12/7)☆
cpu/gpu		 P100, V100 対応
2.11 ○ (2017/10/1)☆ P100, V100★ 対応
NBO 7.0-7 ◎ (2020/1/6)  
7.0-2 ○ (2019/1/23)  
6.0-18 ◎ (2018/3/16)  
6.0-15 ○ (2018/2/6)  
NTChem(注17) 2013.12.1.1 ◎ (2021/6/3)  
2013.5.0 ○ (2015/4/20)  
NWChem 7.0.2 ◎ (2022/3/9)  
6.8 ○ (2018/1/22)  
OpenMolcas 21.10 ◎ (2021/12/6)  
20.10 ○ (2020/12/7)  
  ○ (2019/6/7) 2019/6/4 時点の最新
ORCA 5.0.3 ◎ (2022/2/22) (利用前に登録が必要です)
5.0.2 ○ (2021/12/9)
4.2.1 ○ (2020/1/8)
Parallel CONFLEX(注9)      
PSI4 1.5 ◎ (2022/3/15)  
1.1 ○ (2018/1/12)  
Quantum ESPRESSO 6.8 ◎ (2021/12/15)☆
cpu/gpu		 P100, V100 対応
6.7 ○ (2021/1/5)☆
cpu/gpu		 P100, V100 対応
6.5 ○ (2020/7/9)  
6.3 ○ (2018/12/17)  
6.1 ○ (2017/9/14)  
5.4 ○ (2018/12/17)  
5.1.2 ○ (2015/4/8)  
ReactionPlus 1.0 ◎ (2018/1/22)  
SIESTA 4.1.5 ◎ (2021/9/27)
(MPI/OpenMP)		  
4.0.2 ○ (2019/3/14)  
3.1(注16) ○ (2012/8/16)  
SMASH 2.2.0 ○ (2017/5/16)  
TURBOMOLE(注3) 7.6 ◎ (2021/12/23)  
7.5.1 ○ (2021/11/22) https://forum.turbomole.org/index.php/topic,1242.0.html パッチ適用済
7.5 ○ (2020/7/30)  
7.4.1 ○ (2020/3/2)  
7.4 ○ (2019/8/20)  
7.3 ○ (2018/7/23)  
7.2.1 ○ (2017/12/12)  
7.2 ○ (2017/8/4)  
VASP(注4)   (入手不可)  
名前 バージョン 起動コマンド 導入日
GaussView 6.1.1 gview6 ◎ (2019/10/29)
6.0.16 /local/apl/lx/g16b01/gv/gview.sh ○ (2017/2/2)
5.0.9 gview5 ◎ (2013/3/13)
Luscus 0.8.6 /local/apl/lx/luscus086/bin/luscus ◎ (2019/6/10)
Molden 5.7 /local/apl/lx/molden/bin/molden ◎ (2016/11/22)
NBOView2 2 /local/apl/lx/nboview2/nboview2 ◎ (2018/2/6)
VMD 1.9.3 /local/apl/lx/vmd193/bin/vmd ◎ (2018/2/19)

◎: インストール済み。g16のような別名が設定されています。
○: インストール済み。g16a03のように指定する必要があります。
▲: NBO 6.0 対応
△: NBO 7.0 対応
☆: GPU版有
★: ビルド時にネイティブ対応をしていません。バージョン間の互換性を利用しているため、十全な性能が出ないかもしれません。
‖: GCC版とインテルコンパイラ版が利用可能

注意事項

(注2) molproは、2022年9月15日にライセンス失効します。毎年更新予定。
(注3) 国内にいる非営利ユーザーのみ利用可能。2022年1月にライセンス失効する。毎年更新予定。
(注4) VASPは小規模の研究グループをライセンス単位としているため、本センターでは導入できません。(ライセンスを確認の上、ユーザーが独自にインストールして利用していただくことになります。)
(注5) 公式マニュアルや計算科学研究センター作成の「GRRM実行サンプル解説」(GRRM14用/GRRM11用)についてもご覧ください。
(注8) SMILES (a package for molecular integrals with Slater functions)を有効にしてコンパイルしてあります。
(注9) ADF, Parallel CONFLEX はライセンス費用が高額であるため、本センターでは導入できません。
(注15) 各バージョンのパッケージリストやテスト内容については以下のリンクからご確認ください(CPU(intel) / GPU(intel) / CPU(gcc) / GPU(gcc))
(注16) SIESTA 3.x を使った計算を論文にする場合は以下の論文を引用してください。

1. “Self-consistent order-N density-functional calculations for
    very large systems”, P. Ordejón, E. Artacho and J. M. Soler,
    Phys. Rev. B (Rapid Comm.) 53, R10441-10443 (1996).
2. “The SIESTA method for ab initio order-N materials simulation”
    J. M. Soler, E. Artacho,J. D. Gale, A. García, J. Junquera,
    P. Ordejón, and D. Sánchez-Portal, J. Phys.: Condens. Matt. 14,
    2745-2779 (2002).
(注17) NTChemを用いて得た成果を発表するときには引用義務があります。詳しくは公式ページや公式マニュアルをご覧ください。
マニュアルとチュートリアルは、会話処理ノードの/local/apl/lx/ntchem/doc/以下にもあります。
(注18) CRYSTAL14を使用するためにはユーザー毎にライセンス同意書に署名が必要です。郵送等で同意書がRCCSに届いた後、CRYSTAL14が利用可能になります。
(注19) DIRAC を使った計算を論文にする場合、このページに示されたリファレンスの引用義務があります。
(注21) CRYSTAL17を使用するためにはユーザー毎にライセンス同意書に署名が必要です。CRYSTAL14で登録済みの場合でも別途登録が必要です。郵送等で同意書がRCCSに届いた後、CRYSTAL17が利用可能になります。

添付サイズ
PDF アイコン CRYSTAL14のライセンス同意書281.59 KB
PDF アイコン CRYSTAL17のライセンス同意書255.88 KB