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パッケージプログラム状態一覧
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コンパイラ・ライブラリ
2021/2/15時点の状態です。システム標準のものなどの一部を除き、/local/apl/lx 以下に導入されています。
|
名前 |
バージョン | 備考 |
|---|---|---|
| Intel Parallel Studio XE | 2020 update 2 | icc 19.1.2 |
| icpc 19.1.2 | ||
| ifort 19.1.2 | ||
| impi 2019.0.8 (2019.8.254) | ||
| 2019 update 5 | icc 19.0.5 | |
| icpc 19.0.5 | ||
| ifort 19.0.5 | ||
| impi 2019.0.5 (2019.5.281) | ||
| 2019 update 1 | icc 19.0.1.144 | |
| icpc 19.0.1.144 | ||
| ifort 19.0.1.144 | ||
| impi 2019 Update 1 (2019.1.144) | ||
| 2018 update 4* | icc 18.0.5 | |
| icpc 18.0.5 | ||
| ifort 18.0.5 | ||
| impi 2018.0.4 | ||
| 2018 update 2 | icc 18.0.2 | |
| icpc 18.0.2 | ||
| ifort 18.0.2 | ||
| impi 2018.0.2 | ||
| 2017 update 8 | icc 17.0.8 | |
| icpc 17.0.8 | ||
| ifort 17.0.8 | ||
| impi 2017.0.4 | ||
| 2017 update 4 | icc 17.0.4 | |
| icpc 17.0.4 | ||
| ifort 17.0.4 | ||
| impi 2017.0.3 | ||
| 2015 update 1 | icc 15.0.1 | |
| icpc 15.0.1 | ||
| ifort 15.0.1 | ||
| impi 5.0 Update 2 | ||
| GCC | 4.8.5* | |
| 9.3.1 | Devtoolset-9 Software Collections[2] | |
| 8.3.1 | Devtoolset-8 Software Collections[2] | |
| 7.3.1 | Devtoolset-7 Software Collections[2] | |
| 6.3.1 | Devtoolset-6 Software Collections[2] | |
| 5.3.1 | Devtoolset-4 Software Collections[2] | |
| 4.9.2 | Devtoolset-3 Software Collections[2] | |
| PGI Compilers and Tools | 20.4-0 | |
| 18.1-1* | ||
| 17.5-0 | ||
| 16.5-0 | ||
| CUDA | 11.1.105 | |
| 10.1.243 | ||
| 9.1.85* | ||
| 8.0.61 | ||
| Python[1] | 3.4.5 | (python3のデフォルトバージョン) |
| 2.7.5* | ||
| 3.7.7 (Anaconda3-2020.02) | ||
| 3.7.3 (Anaconda3-2019.03) | ||
| 2.7.16 (Anaconda2-2019.03) | ||
| Julia | 1.5.3 | /local/apl/lx/julia-1.5.3/bin/julia |
| 1.3.1 | /local/apl/lx/julia-1.3.1/bin/julia | |
| Open MPI | 4.0.2 | (mpi1, cxx サポート有り) |
| 4.0.0 | (cxx サポート有り) | |
| 3.1.0 | ||
| 2.1.3 | ||
| Singularity | 3.6.4 |
*: デフォルトのバージョン
[1]: pip install (パッケージ名) --user のようにすることで、自身のホームディレクトリにパッケージを追加することもできます。完全な独自環境が欲しい場合には、Anacondaの導入も考慮するべきかもしれません。Anaconda を使った場合のアクセスの遅さ(ファイルシステムの仕様に依存しています)を避けたい場合は miniconda の利用をご検討下さい。
[2]: /opt/rh/devtoolset-(数字) 以下に実体があります。module load scl/devtoolset-6 のように読み込むと(devtoolset-6; gcc-6.3.1 の場合)、比較的簡単に利用できます。
アプリケーションパッケージ
2021/2/24現在、以下のパッケージがインストールされています。プログラムの詳しい使用法は、ドキュメント等を参照してください。各演算ノードとフロントエンドの/local/apl/lx/以下にインストールされています。ビルドに関する情報はこちらのページにまとめられています。
| 名前 | 内容 |
|---|---|
| ABINIT | Package for material science within density functional theory, using a plane wave basis set and pseudopotentials. |
| AMBER | Package of molecular simulation programs. |
| AutoDock | Suite of automated docking tools. |
| CP2K | A quantum chemistry and solid state physics software package. |
| CRYSTAL | General-purpose programs for the study of crystalline solids. |
| DIRAC | Computes molecular properties using relativistic quantum chemical methods (named after P. A. M. Dirac). |
| GAMESS | General atomic and molecular electronic structure system. |
| Gaussian | Ab initio molecular orbital calculations. |
| GENESIS | Molecular dynamics and modeling software for bimolecular systems such as proteins, lipids, glycans, and their complexes. |
| GROMACS | Fast, Free and Flexible MD |
| GRRM | Automated Exploration of Reaction Pathways. |
| LAMMPS | Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator. |
| OpenMolcas | Quantum chemistry software. |
| Molpro | Complete system of ab initio programs. |
| NAMD | Scalable molecular dynamics program. |
| NBO/NBOView | Discovery tool for chemical insights from complex wavefunctions. |
| NTChem(注17) | Comprehensive new software of ab initio quantum chemistry made in AICS from scratch. |
| NWChem | Computational chemistry tools that are scalable both in their ability to treat large scientific computational chemistry problems |
| ORCA | An ab initio quantum chemistry program package |
| PSI4 | Open-source suite of ab initio quantum chemistry programs designed for efficient, high-accuracy simulations of a variety of molecular properties. |
| Quantum ESPRESSO | Integrated suite of Open-Source computer codes for electronic-structure calculations and materials modeling at the nanoscale. |
| Reaction Plus | Program to obtain the transition state and reaction path along the user’s expected reaction mechanism. |
| SIESTA | Efficient electronic structure calculations and ab initio molecular dynamics simulations of molecules and solids |
| SMASH | Scalable Molecular Analysis Solver for High performance computing systems |
| TURBOMOLE | One of the fastest programs for standard quantum chemical applications. |
| GaussView | Viewer for Gaussian 09 / 16. |
| Luscus | A portable GUI for MOLCAS and other quantum chemical software. |
| Molden | Visualization program of molecular and structure. |
| VMD | Molecular graphics viewer |
| パッケージプログラム名 | バージョン | リビジョン | 導入日 | 備考 |
|---|---|---|---|---|
| ABINIT | 8.8.3 | ◎ (2018/7/10) | ||
| 7.8.2 | － | |||
| ADF(注9) | (入手不可) | |||
| Amber | 20 | update 9 | ○ (2020/6/9)☆ | P100, V100 対応 |
| 20 | update 0 | ○ (2020/6/9)☆ | P100, V100 対応 | |
| 18 | bugfix 16 | ◎ (2019/9/10)☆ | P100, V100 対応 | |
| 18 | bugfix 12 | ○ (2019/2/14)☆ | P100, V100 対応 | |
| 18 | bugfix 11 | ○ (2019/2/14)☆ | V100 対応 | |
| 18 | bugfix 1 | ○ (2018/6/4)☆ | P100, V100 対応 | |
| 16 | bugfix 15 | ○ (2018/7/25)☆ | P100 対応 | |
| 16 | bugfix 10 | ○ (2017/10/01)☆ | P100 対応 | |
| 14 | bugfix 11 | ○ (2015/7/21) | ||
| 12 | bugfix 21 | ○ (2013/12/10) | ||
| AutoDock | 4.2.6 | － | ||
| CP2K | 7.1.0 | ◎ (2020/2/27)‖ | ||
| 6.1.0 | ○ (2018/11/22)☆‖ | P100, V100 対応 | ||
| CRYSTAL | 17(注21) | 1.0.2 | ○ (2020/1/27) | |
| 14(注18) | 1.0.4 | ○ (2016/5/11) | ||
| DIRAC(注19) | 18.0 | ○ (2019/5/14) | ||
| GAMESS | 2020 | Jun30 (R1) | ○ (2020/8/19)△ | |
| 2019 | Sep30 (R2) | ◎ (2019/12/13)△ | ||
| 2018 | Sep30 | ○ (2018/11/9)▲ | ||
| 2018 | Feb14 | ○ (2018/3/19)▲ | ||
| 2017 | Nov11 | ○ (2017/12/15) | ||
| 2017(注11) | Apr20 | ○ (2017/10/1) | ||
| Gaussian | 16 | C.01 | ◎ (2019/8/2)☆▲△ | P100, V100 対応 |
| 16 | B.01 | ○ (2018/3/12)☆▲ | P100 対応 | |
| 16 | A.03 | ○ (2017/2/13)▲ | ||
| 09 | E.01 | ◎ (2015/12/24) | ||
| 09 | D.01 | ○ (2013/7/25)▲ | ||
| 09 | C.01 | ○ (2012/2/1) | ||
| 09 | B.01 | ○ (2012/2/7) | ||
| GENESIS | 1.6.0 | ○ (2020/12/28)☆ | P100, V100★ 対応 | |
| 1.4.0 | ○ (2019/11/21)☆ | P100, V100★ 対応 | ||
| 1.3.0 | ○ (2018/9/4)☆ | P100, V100★ 対応 | ||
| 1.1.6 | ○ (2017/12/13)☆ | P100, V100★ 対応 | ||
| 1.1.5 | ○ (2017/8/4) | |||
| GROMACS | 2020.4 | ○ (2020/10/12)☆‖ | P100, V100 対応 | |
| 2020.2 | ○ (2020/5/13)☆‖ | P100, V100 対応 | ||
| 2019.6 | ◎ (2020/3/5)☆‖ | P100, V100 対応 | ||
| 2019.4 | ○ (2019/10/8)☆‖ | P100, V100 対応 | ||
| 2019.2 | ○ (2019/4/18)☆‖ | P100, V100 対応 | ||
| 2018.8 | ○ (2019/10/8)☆‖ | P100, V100 対応 | ||
| 2018.7 | ○ (2019/7/19)☆‖ | P100, V100 対応 | ||
| 2018.6 | ○ (2019/3/27)☆‖ | P100, V100 対応 | ||
| 2018.3 | ○ (2018/9/4)☆‖ | P100, V100 対応 | ||
| 2018.1(注14) | ○ (2018/4/17)‖ | |||
| 2016.6 | ○ (2019/2/22)☆‖ | P100, V100 対応 | ||
| 2016.5 | ○ (2018/4/17)☆‖ | P100, V100★ 対応 | ||
| 2016.4 | ○ (2017/10/01)☆ | P100, V100★ 対応 | ||
| 2016.3(注10) | ○ (2017/3/16)☆ | P100, V100★ 対応 | ||
| 2016.1(注10) | ○ (2017/2/2)☆ | P100, V100★ 対応 | ||
| 5.1.5(注12) | ○ (2018/4/17)☆‖ | P100, V100★ 対応 | ||
| 5.1.4 | ○ (2018/1/19)☆ | P100, V100★ 対応 | ||
| 4.5.5 | ○ (2012/6/12)☆ | |||
| GRRM(注5) | 17 | ○ (2021/1/27) | (マルチノード並列対応) | |
| 14 | ◎ (2015/7/29) | |||
| 11 | ○ (2012/9/26) | |||
| LAMMPS | 7Aug19 | ◎ (2019/11/14)☆ | P100, V100 対応 | |
| 22Aug18 | ○ (2018/11/6)☆ | P100 対応(lmp_rccs_gpu) V100 対応(lmp_rccs_volta) |
||
| 16Mar18(注15) | ○ (2018/5/10)☆‖ (2018/7/4 更新) |
P100 対応 | ||
| Molcas | 8.2 | (2020/1/30 公開停止) | ||
| Molpro(注2) | 2020.1.2(注8) | ○ (2020/10/20)‖ | (pdf 化した公式マニュアル@2020/11/12) | |
| 2019.2.3(注8) | ◎ (2019/12/10) | |||
| 2019.1.2(注8) | ○ (2019/4/16) | |||
| 2018.2(注8) | ○ (2018/12/20) | |||
| 2015.1(注8) | 33 | ○ (2018/6/12) | ||
| 2015.1(注8) | 27 | ○ (2017/12/14) | ||
| 2015.1(注8) | 19 | ○ (2017/10/1) | ||
| 2012.1(注8) | 37 | ○ (2016/4/19) | ||
| NAMD | 2.13 | ◎ (2018/12/7)☆ | P100, V100 対応 | |
| 2.11 | ○ (2017/10/1)☆ | P100, V100★ 対応 | ||
| NBO | 7.0 | 7 | ◎ (2020/1/6) | |
| 7.0 | 2 | ○ (2019/1/23) | ||
| 6.0 | 18 | ◎ (2018/3/16) | ||
| 6.0 | 15 | ○ (2018/2/6) | ||
| NTChem(注17) | 2013.5.0 | ◎ (2015/4/20) | ||
| NWChem | 6.8 | ◎ (2018/1/22) | ||
| OpenMolcas | 20.10 | ○ (2020/12/7) | ||
| ◎ (2019/6/7) | 2019/6/4 時点の最新 | |||
| ORCA(注20) | 4.2.1 | ○ (2020/1/8) | ||
| Parallel CONFLEX(注9) | ||||
| PSI4 | 1.1 | ◎ (2018/1/12) | ||
| Quantum ESPRESSO | 6.7 | ○ (2021/1/5)☆ | P100, V100 対応 | |
| 6.5 | ○ (2020/7/9) | |||
| 6.3 | ◎ (2018/12/17) | |||
| 6.1 | ○ (2017/9/14) | |||
| 5.4 | ○ (2018/12/17) | |||
| 5.1.2 | ○ (2015/4/8) | |||
| ReactionPlus | 1.0 | ◎ (2018/1/22) | ||
| SIESTA | 4.0.2 | ◎ (2019/3/14) | ||
| 3.1(注16) | ○ (2012/8/16) | |||
| SMASH | 2.2.0 | ○ (2017/5/16) | ||
| TURBOMOLE(注3) | 7.5 | ○ (2020/7/30) | ||
| 7.4.1 | ◎ (2020/3/2) | |||
| 7.4 | ○ (2019/8/20) | |||
| 7.3 | ○ (2018/7/23) | |||
| 7.2.1 | ○ (2017/12/12) | |||
| 7.2 | ○ (2017/8/4) | |||
| VASP(注4) | (入手不可) |
| 名前 | バージョン | リビジョン | 起動コマンド | 導入日 |
|---|---|---|---|---|
| GaussView | 6.1.1 | /local/apl/lx/g16c01/gv/gview.sh | ○ (2019/10/29) | |
| 6.0.16 | gview6 | ◎ (2017/2/2) | ||
| 5.0.9 | gview5 | ◎ (2013/3/13) | ||
| Luscus | 0.8.6 | /local/apl/lx/luscus086/bin/luscus | ◎ (2019/6/10) | |
| Molden | 5.7 | /local/apl/lx/molden/bin/molden | ◎ (2016/11/22) | |
| NBOView2 | 2 | /local/apl/lx/nboview2/nboview2 | ◎ (2018/2/6) | |
| VMD | 1.9.3 | /local/apl/lx/vmd193/bin/vmd | ◎ (2018/2/19) |
◎: インストール済み。g16のような別名が設定されています。
○: インストール済み。g16a03のように指定する必要があります。
▲: NBO 6.0 対応
△: NBO 7.0 対応
☆: GPU版有
★: ビルド時にネイティブ対応をしていません。バージョン間の互換性を利用しているため、十全な性能が出ないかもしれません。
‖: GCC版とインテルコンパイラ版が利用可能
注意事項
(注2) molproは、2021年9月15日にライセンス失効します。毎年更新予定。
(注3) 国内にいる非営利ユーザーのみ利用可能。2022年1月にライセンス失効する。毎年更新予定。
(注4) VASPは小規模の研究グループをライセンス単位としているため、本センターでは導入できません。(ライセンスを確認の上、ユーザーが独自にインストールして利用していただくことになります。)
(注5) 公式マニュアルや計算科学研究センター作成の「GRRM実行サンプル解説」(GRRM14用/GRRM11用)についてもご覧ください。
(注8) SMILES (a package for molecular integrals with Slater functions)を有効にしてコンパイルしてあります。
(注9) ADF, Parallel CONFLEXはライセンス費用が高額であるため、本センターでは導入できません。
(注10) double版は一部regressionテストが正常終了しなかったため、インストールされていません。
(注11) exam13.inpのテストを並列実行するとFailedとなります。並列計算時に高次のElectrostatic Momentsが結果不正となるバグ（開発元に報告済み）が原因です。
(注12) インテルコンパイラ版では微妙な数値誤差の影響で SelectionCollectionDataTest.HandlesCharge ユニットテストが失敗します。
(注14) GPU版はインテル版、GCC版の両方について、一部のテストでエラーが発生するため、インストールしていません。(エラー内容はそれぞれ別です)
(注15) 各バージョンのパッケージリストやテスト内容については以下のリンクからご確認ください(CPU(intel) / GPU(intel) / CPU(gcc) / GPU(gcc))
(注16) SIESTA 3.x を使った計算を論文にする場合は以下の論文を引用してください。
1. “Self-consistent order-N density-functional calculations for
very large systems”, P. Ordejón, E. Artacho and J. M. Soler,
Phys. Rev. B (Rapid Comm.) 53, R10441-10443 (1996).
2. “The SIESTA method for ab initio order-N materials simulation”
J. M. Soler, E. Artacho,J. D. Gale, A. García, J. Junquera,
P. Ordejón, and D. Sánchez-Portal, J. Phys.: Condens. Matt. 14,
2745-2779 (2002).
(注17) NTChemを用いて得た成果を発表するときには引用義務があります。詳しくはマニュアルをご覧ください。
マニュアルとチュートリアルは、会話処理ノードの/local/apl/lx/ntchem/doc/以下にあります。
(注18) CRYSTAL14を使用するためにはユーザー毎にライセンス同意書に署名が必要です。郵送等で同意書がRCCSに届いた後、CRYSTAL14が利用可能になります。
(注19) DIRAC を使った計算を論文にする場合、このページに示されたリファレンスの引用義務があります。
(注20) ORCA を利用するためにはユーザ登録の必要があります。詳細についてはこのページをご覧下さい。
(注21) CRYSTAL17を使用するためにはユーザー毎にライセンス同意書に署名が必要です。CRYSTAL14で登録済みの場合でも別途登録が必要です。郵送等で同意書がRCCSに届いた後、CRYSTAL17が利用可能になります。
| 添付 | サイズ |
|---|---|
 CRYSTAL14のライセンス同意書 | 281.59 KB |
| CRYSTAL17のライセンス同意書 | 255.88 KB |