Gromacs 2023.4
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バージョン
2023.4
ビルド環境
- GCC 9.2.1 (gcc-toolset-9)
- Open MPI 4.1.5
必要なファイル
- gromacs-2023.4.tar.gz
- regressiontests-2023.4.tar.gz
ビルド手順
#!/bin/sh
VERSION=2023.4
INSTALL_PREFIX=/apl/gromacs/${VERSION}
BASEDIR=/home/users/${USER}/Software/Gromacs/${VERSION}/
GROMACS_TARBALL=${BASEDIR}/gromacs-${VERSION}.tar.gz
REGRESSION_TARBALL=${BASEDIR}/regressiontests-${VERSION}.tar.gz
WORKDIR=/gwork/users/${USER}
REGRESSION_PATH=${WORKDIR}/regressiontests-${VERSION}
PARALLEL=12
export LANG=C
#---------------------------------------------------------------------
umask 0022
module -s purge
module -s load gcc-toolset/9
module -s load openmpi/4.1.5/gcc9
cd ${WORKDIR}
if [ -d gromacs-${VERSION} ]; then
mv gromacs-${VERSION} gromacs_erase
rm -rf gromacs_erase &
fi
if [ -d regressiontests-${VERSION} ]; then
mv regressiontests-${VERSION} regressiontests_erase
rm -rf regressiontests_erase &
fi
tar xzf ${GROMACS_TARBALL}
tar xzf ${REGRESSION_TARBALL}
cd gromacs-${VERSION}
# single precision, no MPI
mkdir rccs-s
cd rccs-s
cmake .. \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \
-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
-DCMAKE_C_COMPILER=gcc \
-DCMAKE_CXX_COMPILER=g++ \
-DGMX_MPI=OFF \
-DGMX_GPU=OFF \
-DGMX_DOUBLE=OFF \
-DGMX_THREAD_MPI=ON \
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \
-DREGRESSIONTEST_PATH=${REGRESSION_PATH}
make -j${PARALLEL} && make check && make install
cd ..
# double precision, no MPI
mkdir rccs-d
cd rccs-d
cmake .. \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \
-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
-DCMAKE_C_COMPILER=gcc \
-DCMAKE_CXX_COMPILER=g++ \
-DGMX_MPI=OFF \
-DGMX_GPU=OFF \
-DGMX_DOUBLE=ON \
-DGMX_THREAD_MPI=ON \
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \
-DREGRESSIONTEST_PATH=${REGRESSION_PATH}
make -j${PARALLEL} && make check
make install
cd ..
# single precision, with MPI
mkdir rccs-mpi-s
cd rccs-mpi-s
cmake .. \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \
-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
-DCMAKE_C_COMPILER=mpicc \
-DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx \
-DGMX_MPI=ON \
-DGMX_GPU=OFF \
-DGMX_DOUBLE=OFF \
-DGMX_THREAD_MPI=OFF \
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \
-DREGRESSIONTEST_PATH=${REGRESSION_PATH}
make -j${PARALLEL} && make check && make install
cd ..
# double precision, with MPI
mkdir rccs-mpi-d
cd rccs-mpi-d
cmake .. \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \
-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
-DCMAKE_C_COMPILER=mpicc \
-DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx \
-DGMX_MPI=ON \
-DGMX_GPU=OFF \
-DGMX_DOUBLE=ON \
-DGMX_THREAD_MPI=OFF \
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \
-DREGRESSIONTEST_PATH=${REGRESSION_PATH}
make -j${PARALLEL} && make check
make install
cd ..