当センターを利用した研究成果の紹介

生体分子マシンの機能ダイナミクスのシミュレーション

機能ダイナミクスは、生体分子マシンが働く仕組みを理解する上で必要不可欠である。例えば、膜輸送タンパク質（トランスポーター）は、内向き開構造と外向き開構造の間をいったりきたりすることで、膜をこえた基質輸送を行っている。このような生体分子マシンの全原子モデルでのシミュレーション系は数十万原子数にも及び、機能発現にかかる時間ミリ秒スケールの直接的なシミュレーションは困難であるが、ダイナミクスの促進や遷移ダイナミクスを集中的にサンプリングする手法によって、機能発現の瞬間の分子メカニズムを解明している。
K. Okazaki, D. Wöhlert, J. Warnau, H. Jung, Ö. Yildiz, W. Kühlbrandt and G. Hummer, Nat. Commun. 10, 1742 (2019)

第一原理反応ダイナミクスと反応経路自動探索

化学反応は固有反応座標（IRC）に沿って起こるのか？ 金5量体に対しab initio MD計算による古典軌道をグローバル反応経路地図上にマッピングして動的経路を解析し、反応経路跳躍の概念を提案。

T. Tsutsumi, Y. Harabuchi, Y. Ono, S. Maeda, and T. Taketsugu, Phys. Chem. Chem. Phys., 20, 1364 (2018).

表面触媒反応の理論シミュレーション

アミド化合物は広く医農薬品に利用されています。スーパーコンピューターを利用した量子化学計算によって、アミド化反応を高効率に実現するNb2O5表面の触媒活性の要因を明らかにしました。
P. Hirunsit, T. Toyao, S. M. A. H. Siddiki, K. Shimizu, M. Ehara, ChemPhysChem (2018).

アミロイド線維の非対称性：分子動力学シミュレーション

認知症の１つであるアルツハイマー病はアミロイドベータ（Aβ）ペプチドというペプチドが凝集してアミロイド線維という線維状の物質を形成することで引き起こされる．これまでアミロイド線維は一方向にしか伸長しないことが知られていたが，その理由は明らかになっていなかった．分子動力学シミュレーションによりAβアミロイド線維の構造と揺らぎが右端と左端で異なることを発見し，これがアミロイド線維伸長の一方向性の理由であることを明らかにした．この成果はアルツハイマー病の原因物質が生成されないようにするための薬剤開発に応用されることが期待される。

H. Okumura and S. G. Itoh, Sci. Rep. 6 (2016) 38422 (9 pages).

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新着情報

2020-08-19 新しい問い合わせ用アドレス rccs-admin(at)ims.ac.jp について(旧来の ccadm(at)draco.ims.ac.jp も引き続き有効です)

このたび RCCS の新しい問い合わせ用アドレス rccs-admin(at)ims.ac.jp ((at)を@に置き換えて下さい)を用意しました。
メールニュースの配信や質問対応については、徐々に新しいアドレスから送信するよう切り替えていく予定です。
なお、旧来のアドレス ccadm(at)draco.ims.ac.jp ((at)を@に置き換えて下さい)についても引き続き有効です。
今度ともどうぞよろしくお願いいたします。
2020-08-03 NOUS定期システムメンテナンスのお知らせ

下記の期間にNOUSシステムが停止します。その間に新規申請はできませんので、予めご了承ください。
・2020年08月13日（木曜日）　09:00～17:00
※8時間程度を予定していますが、作業完了次第、サービスを再開いたします。
2020-07-22 「第14回分子シミュレーションスクール」

自然科学研究機構 分子科学研究所、計算物質科学人材育成コンソーシアム（分子科学）、分子シミュレーション学会の主催で「第14回分子シミュレーションスクール」を開催いたします。毎年「分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―」ということで4日間の日程で開催しておりますが、今年度はコロナウィルス感染拡大の影響を鑑み、基礎編のみのオンライン開催となりました。
2020-05-19 Gaussian公式YouTubeチャンネル(日本語音声版)のご案内

YouTubeにおいてGaussianの日本語版公式YouTubeチャンネルが開設されています。
現在、GaussViewの解説動画が公開されており、今後さらにコンテンツを増やす予定とのことです。
2020-04-21 4/21 15:00-16:00 緊急メンテナンスのためログインシェル等の変更ができません

(4/21 15:55) 作業は無事完了しました。
2020-04-16 新型コロナウイルス感染症に関する対応について (6/1 更新)

6/1(月)より RCCS はほぼ平常通りの体制に戻っております。
ユーザーの皆様の組織で新型コロナウイルスに関連して共同利用研究承諾書の作成等が難しいような場合については、
引き続き柔軟な対応を行っていきますので、ご遠慮なくお申し付け下さい。
2020-04-13 4/13 所内利用の受付を再開しました

NOUS から所内利用(分子研、基生研、生理研、ExCELLS)申請ができるようになりました。
IMS-RCCS-shonai カテゴリーで申請下さい。
2020-04-09 新規申請受付再開のお知らせ(4/9)

4/9 より NOUS での施設利用(A)の新規申請受付を開始しました。
IMS-RCCS-A のカテゴリーより申請下さい。詳細情報については利用申請/報告に関する情報以下に順次追加していきます。
2020-04-06 年次更新作業

4/6(月)-4/8(水)の日程で年次更新作業を行っています。
新規ユーザの登録や各種設定変更(SSH鍵、ログインシェル)も一時受付を停止しております。4/8(水) の午後くらいに可能となる予定ですので、今しばらくお待ち下さい。
(追記) 作業は無事終了し、4/8 17:00 より予定通り運用を再開しています。
2020-03-31 (4/1-4/8) 新申請システム NOUS への移行に伴う新規受付の一時停止

4/1-4/8 の間システム移行作業のために新規受付を停止しておりましたが、4/9 より新規受付を再開しました。

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