当センターを利用した研究成果の紹介

2次元ガラスにおける無限振幅の音波ゆらぎの発見

　東北大学金属材料研究所の芝隼人特任助教らは、２次元に自由度が制約されたガラス固体では、結晶性物質と同じしくみで莫大な音波ゆらぎの増幅が生じることを、自然科学研究機構計算科学研究センターのスーパーコンピュータを用いたシミュレーション計算により世界で初めて見出しました。
　ガラス物質は液体のように乱れた原子配列を保ちながら、固体の性質である硬さも伴います。そのため、ガラス物質が示す性質のうち、結晶（規則正しい原子配列を持つ物質）の性質とどこまでが共通し、どこが異なるのか、長い間検討されてきました。続きを読む

複雑分子系の化学反応のシミュレーション

ランタニド錯体の内核f−f発光は熱センサーなどとして広く用いられている。発光過程は、基底一重項 S0 状態から配位子Sn状態への励起に始まり、最低三重項T1状態への項間交差(ISC)、配位子T1 状態からランタニド4f5 5DJ励起状態への励起エネルギー移動(EET)、5DJ 状態から5D4状態への内部変換(IC)、f−f遷移による緑色発光で起こる。この一連のイベントにT1からS0へのISCが競合すれば、発光は弱まる。3種のTb3+錯体にたいし、これらのイベントが起こる遷移状態や交差状態を最近開発した反応経路自動探索(GRRM)戦術で決定し、発光強度の温度依存性の起源を明らかにした。続きを読む

超音波によるアミロイド線維の破壊：非平衡分子動力学シミュレーション

認知症の１つであるアルツハイマー病はアミロイドベータペプチドというペプチドが凝集して不溶性のアミロイド線維を形成することで引き起こされる。超音波によるアミロイド線維の破壊過程を分子動力学シミュレーションにより解明した。超音波により圧力が低くなった時にアミロイド線維の周囲に気泡が生じ、圧力が再び正になった時に気泡が崩壊し水のジェット流によりアミロイド線維が破壊される。

H. Okumura and S. G. Itoh, J. Am. Chem. Soc. 136 (2014) 10549-10552.

光合成酸素発生反応の電子の振舞を量子アルゴリズムにより解明

　自然科学研究機構分子科学研究所の倉重佑輝助教、柳井毅准教授および米国プリンストン大のGarnet Chan教授らの研究グループは、高速量子アルゴリズムを用いることで、光合成酸素発生反応中心であるマンガンクラスタの電子の量子的振る舞い（波動関数）をほぼ完全解の精度で数値シミュレーションすることに成功しました。続きを読む

相転移ダイナミクスの分子機構

分子動力学計算を用いて、均質氷の秩序が崩壊し、乱雑な液体の水へ相変化する融解ダイナミクスを再現した。乱れを定義する新しい尺度を開発する事で、単純な欠陥の集合では融解が起こらないが、水素結合ネットワークの”からまり”を生じさせる欠陥対の分離が融解を導く事を明らかにした。

K. Mochizuki, M. Matsumoto, and I. Ohmine
Nature 498, 350-354 (2013)
Defect pair separation as the controlling step in homogeneous ice melting

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新着情報

2018-06-22 「第12回分子シミュレーションスクール－基礎から応用まで－」「ポスト「京」重点課題５　オータムカレッジ　－分子シミュレーション－」「計算物質科学人材育成コンソーシアム　分子シミュレーションスクール」

2017年9月4日から7日までの日程で自然科学研究機構岡崎コンファレンスセンターにおいて、分子科学研究所、ポスト「京」重点課題５、計算物質科学人材育成コンソーシアム（分子科学）、分子シミュレーション研究会の主催で「分子シミュレーションスクール－基礎から応用まで－」を開催いたします
2017-12-11 スーパーコンピュータワークショップ2017のご案内

スーパーコンピュータワークショップ2017　「機能性材料設計への最新の計算科学アプローチ」　を平成30年1月23日～24日に開催します。
2017-10-02 会話処理ノード(ccfep.ims.ac.jp)への接続エラー

会話処理ノードのセキュリティーレベルが上がったため、古いsshのアプリケーションでは接続できません。
お手数ですが、sshアプリケーションをバージョンアップしてから接続願います。
2017-09-27 新システムの運用開始について

新システムの運用開始は、10月2日(月)10時を予定しています。
10月27日(金)9時までは、試用期間として課金なしで利用できます。
この期間中は、予告無くシステム停止することがありますので予めご了承ください。
2017-09-12 第7回 量子化学スクール

第7回 量子化学スクール 開催のお知らせです。
2017-09-01 現システムの運用終了について

現在稼働中のシステムは、9月29日(金)12時をもって運用を終了します。
現システムの/home, /save, /weekにあるファイルは、新システムにそのまま移行されます。
PRIMEHPC FX10 については、システム更新後も利用できるように調整中ですが今のところ運用の可否は不明な状態です。従って PRIMEHPC FX10の/k/homeにあるファイルが運用終了以降アクセスできなくなりますので、ご自身で必要なファイルのバックアップをお願いします。運用継続が可能な場合でも、運用再開までにはしばらく時間がかかる見込みです。
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