センターの計算機利用に関するよくある質問集です。
新規ジョブが投入できなくなります。
グループの CPU 点数を超過した場合、超過から 24 時間以上経過すると投入済みのジョブも削除されます。
こちらのページに申請方法があります。
RCCS ではデバッグやコンパイル作業のための短時間キューやインタラクティブジョブのようなものは用意していません。
ビルド作業やデバッグについてはログインノード(ccfep*, ccgpup, ccgpuv)でそのまま行って下さい。
並列 make (例: make -j 12 のようなコマンド)や MPI プログラムの実行(例: mpirun -np 16 ...)も問題ありません。
ただし、速度面についてはいくつか制約もありますので、その点はご注意下さい。
また、ccfep*, ccgpuv では CPU の利用状況に応じて CPU 点数も消費されます。(ただログインしている程度ならば事実上消費はありません。)
GPU 搭載フロントエンドの ccgpup (P100*2), ccgpuv (V100*1) にログインするには一旦 ccfep にログイン後、ssh コマンドでログインしてください。
ccfep にログインできるならば、それ以上の設定は不要です。
制限値は原則として初期の割り当て点数から決められます。具体的な値はこちらの表をご覧下さい。
現在の制限値は jobinfo -q PN -c を実行することで確認できます。(-l 等はつけないで下さい。)
以下の表記中、赤や青の **** で表示されている部分にあたります。
[user@ccfep* ~]$ jobinfo -q PN -c
-----+------+---------------------------+-------------------------
Queue|Job |User(***) Group(***) |Total
Name |Status|CPUs,GPU/Jobs CPUs,GPU/Jobs| CPUs,GPUs/Jobs(Usr,Grp)
-----+------+---------------------------+-------------------------
PN |RunLim|****, **/- ****, **/- | xxxxx, xxx/- ( -, -)
|Run | x, x/x x, x/x | xxxxx, xxx/xxxx(xxx,xxx)
|Queue | x, x/x x, x/x | xxxxx, xxx/xxxx(xxx,xxx)
|Hold | x, x/x x, x/x | xxxxx, xxx/xxxx(xxx,xxx)
|Exit | x, x/x x, x/x | x, x/x ( x, x)
|Total | x, x/x x, x/x |xxxxxx,xxxx/xxxx(xxx,xxx)
-----+------+---------------------------+-------------------------
制限値にはグループ全体のものと、個々のユーザのもの(代表者がリソース制限のページより設定できます)とがあります。
こちらのページに申請方法があります。
ただし、CPU点数の追加申請については特別な事情が無ければ以下の制限が適用されます。
円滑な運用のため、ご理解とご協力のほどよろしくお願いいたします。
(例) 施設利用B で初期許可点数が 50,000 点の場合、特別な事情が無ければ追加申請での上限値は 50,000 点(合計が 100,000 点)となります。
現在はログインシェルを csh (tcsh), bash, zsh の中から選ぶことができますが、その変更はこのウェブページでしか行えません。ログインしている状態であれば、ページ左側メニューに「アカウント情報」という項目が存在するので、それをクリックしてください。そこから、「編集」タブに移動すると、ログインシェルを選択する項目がありますので、csh, bash, zsh の中から好きなものを選んでください。ログインシェルを選択したあとは忘れずにページ下部にある「保存」をクリックしてください。
複数のリビジョンの g16 の設定(g16.login, g16.profile)を読み込んだ場合に発生することがあります。
出力例:
Entering Gaussian System, Link 0=/local/apl/lx/g16????/g16/._.g16
Initial command:
/local/apl/lx/g16****/g16/l1.exe "/work/users/***/********.cccms1/Gau-66921.inp" -scrdir="/work/users/***/********.cccms1/"
sh: /local/apl/lx/g16***/g16/l1.exe: Permission denied
典型的な例としては、ホームディレクトリの設定ファイルで読み込んでいて、さらにジョブスクリプトで別リビジョンのものを読み込むような場合があります。直すには、設定ファイルかジョブスクリプトの読み込み部分を修正する必要があります。
通常、同じものを複数回読み込む分には問題ありません。バージョンが違う(g09 と g16)ものを読み込む場合も問題が出ないケースがあります。
Gaussian の Freq 計算がメモリ不足と思われるエラーでクラッシュし、使用可能なメモリ量を大きくしてもうまくいかないという例がいくつか報告されています。このような状況に遭遇した際、逆に使用可能なメモリ量を「少なく」することで動作するようになったという事例が複数報告されています。
以下のコマンドを実行してからformchkコマンドを実行してください。ログインシェルの種類により実行するコマンドが異なることに注意してください。
ログインシェルが csh (tcsh) の場合:
$ source /local/apl/lx/g16/g16/bsd/g16.login
ログインシェルが bash, zsh の場合:
$ source /local/apl/lx/g16/g16/bsd/g16.profile
他のバージョンの Gaussian や違うキューを用いた計算等の場合には適宜ディレクトリの場所を置き換えてください。
また、上記設定の代わりに gaussian の module を load した場合も formchk コマンドは利用可能です。
ディストリビューション提供のパッケージが存在すればそれらをインストールすることもできますが、基本的にはAnacondaによる環境構築を推奨しています。センターで利用されるような科学技術系のアプリ、ライブラリについてはディストリビューション標準よりもAnacondaの方が良くまとまっています。
センターで用意した Anaconda 環境もあります。利用方法等については、パッケージプログラム状態一覧のページの Python の項目にあるリンク先をご覧下さい。
ファイルキャッシュに問題が発生することで、見かけ上ファイルが壊れたように見える場合があります。
そのような事象が起きているように見えたら、まずは以下のように検証を行って下さい。
この手順で問題があるファイルを見つけた場合、問題に遭遇したホスト名(例: ccfep2)と、ファイルの場所をccadm[at]draco.ims.ac.jpまでご連絡下さい。
こちらでキャッシュの掃除を行います。(通常のユーザ権限ではキャッシュの操作はできません。)
キャッシュのみの問題であるため、ご自身でファイルを操作を行って問題を解決することは一応可能と思われますが、できればお問い合わせ下さい。
自身で作業される場合は、バックアップをきちんと残した上で慎重に操作を行うようお願いいたします。
一方で、ls -l でファイルを見た場合に以下のような表示が出る場合があります。(別途エラーメッセージも表示されます)
-????????? ? ? ? ? ? (破損ファイル名)
ディスク障害時に作成しようとしたファイルにおいてこのような状況が確認されています。
この場合はファイルを消去するしかありません。rm コマンドでは消去できないこともありますので、その場合は unlink コマンドで消去をお願いします。
こちらのページにいくつかサンプルを用意しました。
利用の手引きの情報、各アプリケーション用のサンプル(/local/apl/lx/(アプリ名)/samples 以下に配置しています)も参考になると思います。
下記の項目を全てご記入の上、ccadm[at]draco.ims.ac.jp宛(迷惑メール対策のため、＠を[at]に置換しています)に送信してください。
有料ソフトウェアの場合、導入できないことがあります。
Permission denied (publickey)
Permission denied (publickey,hostbased).
秘密鍵と公開鍵が一致しないか、公開鍵の登録がされていない場合に表示されます。秘密鍵が存在しない場合(置き場所の指定を間違えた場合も含む)もこのエラーになることがあります。
Permission denied (publickey,gssapi-keyex,gssapi-with-mic,hostbased).
クライアントで秘密鍵が設定されていない場合に表示されます。
ssh:connect:Network is unreachable
ssh:connect:Host is unreachable
ネットワーク設定の不備か、ネットワーク経路の不調によりRCCSとネットワーク接続が出来無かった場合に表示されます。
ssh:connect:Connection refused
ssh:connect:Connection timed out
保守や停電のために、センターがサービスを一時的に停止しているか、下記の接続制限により接続が拒否されている場合に表示されます。
ssh_exchange_identification: Connection closed by remote host
Server unexpectedly closed network connection
何らかの通信不具合もしくは下記の接続制限のため接続が拒否されています。
接続できない場合、詳細なログを表示させることで原因がわかる場合があります(方法は利用するソフトウェアにより異なります)。例えば、LinuxやMacでターミナルからsshコマンドで接続している場合には、-vオプションをつけることで詳細なログを見ることができます。