センターの計算機利用に関するよくある質問集です。
新規ジョブが投入できなくなります。
こちらのページに申請方法があります。
こちらのページに申請方法があります。
現在はログインシェルを csh (tcsh), bash, zsh の中から選ぶことができますが、その変更はこのウェブページでしか行えません。ログインしている状態であれば、ページ左側メニューに「アカウント情報」という項目が存在するので、それをクリックしてください。そこから、「編集」タブに移動すると、ログインシェルを選択する項目がありますので、csh, bash, zsh の中から好きなものを選んでください。ログインシェルを選択したあとは忘れずにページ下部にある「保存」をクリックしてください。
Gaussian の Freq 計算がメモリ不足と思われるエラーでクラッシュし、使用可能なメモリ量を大きくしてもうまくいかないという例がいくつか報告されています。このような状況に遭遇した際、逆に使用可能なメモリ量を「少なく」することで動作するようになったという事例が複数報告されています。
以下のコマンドを実行してからformchkコマンドを実行してください。ログインシェルの種類により実行するコマンドが異なることに注意してください。
ログインシェルが csh (tcsh) の場合:
$ source /local/apl/lx/g16/g16/bsd/g16.login
ログインシェルが bash, zsh の場合:
$ source /local/apl/lx/g16/g16/bsd/g16.profile
他のバージョンの Gaussian や違うキューを用いた計算等の場合には適宜ディレクトリの場所を置き換えてください。
また、上記設定の代わりに gaussian の module を load した場合も formchk コマンドは利用可能です。
ディストリビューション提供のパッケージが存在すればそれらをインストールすることもできますが、基本的にはAnacondaによる環境構築を推奨しています。センターで利用されるような科学技術系のアプリ、ライブラリについてはディストリビューション標準よりもAnacondaの方が良くまとまっています。
ファイルキャッシュに問題が発生することで、見かけ上ファイルが壊れたように見える場合があります。
そのような事象が起きているように見えたら、まずは以下のように検証を行って下さい。
この手順で問題があるファイルを見つけた場合、問題に遭遇したホスト名(例: ccfep2)と、ファイルの場所をccadm[at]draco.ims.ac.jpまでご連絡下さい。
こちらでキャッシュの掃除を行います。(通常のユーザ権限ではキャッシュの操作はできません。)
キャッシュのみの問題であるため、ご自身でファイルを操作を行って問題を解決することは一応可能と思われますが、できればお問い合わせ下さい。
自身で作業される場合は、バックアップをきちんと残した上で慎重に操作を行うようお願いいたします。
一方で、ls -l でファイルを見た場合に以下のような表示が出る場合があります。(別途エラーメッセージも表示されます)
-????????? ? ? ? ? ? (破損ファイル名)
ディスク障害時に作成しようとしたファイルにおいてこのような状況が確認されています。
この場合はファイルを消去するしかありません。rm コマンドでは消去できないこともありますので、その場合は unlink コマンドで消去をお願いします。
こちらのページにいくつかサンプルを用意しました。
利用の手引きの情報、各アプリケーション用のサンプル(/local/apl/lx/(アプリ名)/samples 以下に配置しています)も参考になると思います。
下記の項目を全てご記入の上、ccadm[at]draco.ims.ac.jp宛(迷惑メール対策のため、＠を[at]に置換しています)に送信してください。
有料ソフトウェアの場合、導入できないことがあります。