2022年度(後期) 計算科学研究センター施設利用等の公募について
公募区分: 施設利用(B)
公募開始日: 2022年6月1日(水)
公募締切日: 2022年6月30日(木) 24:00
利用可能期間: 2022年12月1日(木)(予定)~2023年4月3日(月) 9:00
(重要)システム更新のため、2022年10月1日(予定)から11月30日まで全システムが停止する予定です
※施設利用(A)や所内利用についてはこちらをご覧ください。

当センターを利用した研究成果の紹介

新型コロナウイルスの遺伝子を複製するタンパク質(RNA依存性RNAポリメラーゼ)にレムデシビルが取り込まれる過程を分子動力学シミュレーションで解明しました。レムデシビルにはマイナス電荷を持つリン酸基があり、RNAポリメラーゼの結合サイトにはMg2+イオンがあります。さらにRNAポリメラーゼにはプラス電荷を持つアミノ酸であるリジン残基が結合サイトに向かって一列に並んでいます。リジン残基がレムデシビルのリン酸基を引きよせ、それを隣のリジン残基に受け渡すことを繰り返しながら、バケツリレーのように薬剤を結合サイトに運んでいることが明らかになりました。

S. Tanimoto, S. G. Itoh, and H. Okumura: Biophys. J. (2021), DOI: 10.1016/j.bpj.2021.07.026, “Bucket brigade” using lysine residues in RNA-dependent RNA polymerase of SARS-CoV-2

機能ダイナミクスは、生体分子マシンが働く仕組みを理解する上で必要不可欠である。例えば、膜輸送タンパク質(トランスポーター)は、内向き開構造と外向き開構造の間をいったりきたりすることで、膜をこえた基質輸送を行っている。このような生体分子マシンの全原子モデルでのシミュレーション系は数十万原子数にも及び、機能発現にかかる時間ミリ秒スケールの直接的なシミュレーションは困難であるが、ダイナミクスの促進や遷移ダイナミクスを集中的にサンプリングする手法によって、機能発現の瞬間の分子メカニズムを解明している。
K. Okazaki, D. Wöhlert, J. Warnau, H. Jung, Ö. Yildiz, W. Kühlbrandt and G. Hummer, Nat. Commun. 10, 1742 (2019)

化学反応は固有反応座標(IRC)に沿って起こるのか? 金5量体に対しab initio MD計算による古典軌道をグローバル反応経路地図上にマッピングして動的経路を解析し、反応経路跳躍の概念を提案。

T. Tsutsumi, Y. Harabuchi, Y. Ono, S. Maeda, and T. Taketsugu, Phys. Chem. Chem. Phys., 20, 1364 (2018).

アミド化合物は広く医農薬品に利用されています。スーパーコンピューターを利用した量子化学計算によって、アミド化反応を高効率に実現するNb2O5表面の触媒活性の要因を明らかにしました。
P. Hirunsit, T. Toyao, S. M. A. H. Siddiki, K. Shimizu, M. Ehara, ChemPhysChem (2018).

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新着情報

2021-08-18 8/26(木) 9:00-17:00 NOUS 定期メンテナンス

8/26(木) 9:00-17:00 の間、利用申請システム NOUS が定期メンテナンスのために停止します。
なお、作業の進捗状況により、サービス再開の時刻が早まる可能性があります。

2021-07-20 「第15回分子シミュレーションスクール」

2021年9月7日から9日までの日程で、自然科学研究機構 分子科学研究所、計算物質科学人材育成コンソーシアム(分子科学)、分子シミュレーション学会主催「分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―」を開催いたします。今年度は、新型コロナウィルス感染拡大の影響を鑑み、オンライン開催となります。講義は学部卒業程度の知識があれば理解できるような内容となっており、特にシミュレーションの経験や専門知識は前提としていません。これから分子シミュレーションを始めようとしておられる学部学生や大学院生、または実験家や企業の研究者など、計算科学に興味がある方々のご参加をお待ちしております。

2021-07-13 7/13 瞬停による冷却設備(冷却塔)ダウンについて (7/20 更新)

7/13 18:50 頃、落雷による瞬停があり、システムの冷却設備(冷却塔)がダウンしました。
その影響で、同日 20:00-21:00 頃にこのウェブサイトがダウンし、showlim 等の一部コマンド
(jsub, jobinfo については正常に動作していました)が動かないといった問題が発生しました。
また、合計 6 つの演算ノードがダウンしたことも確認されています。
これら冷却設備と関連の問題(上記演算ノード関連を除く)は 22:00 までに復旧しています。
ファイルシステムやジョブ管理サーバ等には問題は発生しておらず、上記ダウンしたノード
以外についても問題は確認されていません。
(7/20 更新) 影響を受けた以下のジョブについて対応を実施しました。

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