2022年度稼働予定の新システムについての情報をこちらのページにて公開しています。

当センターを利用した研究成果の紹介

細胞内でリン光を発する金銀ナノクラスター

発光性金属ナノクラスターは，配位子構造や金属の種類・核数や配列により，クラスター構造に特異な物性が発現することが期待される。本研究では，含窒素複素環状カルベン（NHC）配位子を用いた炭素中心金銀（CAu6Ag2）クラスターを設計・合成し，このクラスターが溶液中で強いリン光を発光することを見出し，NHC配位子がリン光発光に寄与することを理論計算により明らかにした。スピン軌道相互作用を含む解析によって発光速度定数を算出し，最小エネルギー交差点へのエネルギー障壁で量子収率を議論した。さらに，この発光寿命の長いリン光性金銀クラスターを細胞イメージングに用いたところ，細胞への取込みの経路や特定の小器官に選択的に局在することが明らかになり，従来のホスフィン配位子の非選択的な取込みとは異なる優れた機能が確認された。
Z. Lei, M. Endo, H. Ube, T. Shiraogawa, P. Zhao, K. Nagata, X.-L. Pei, T. Eguchi, T. Kamachi, M. Ehara, T. Ogawa, M. Shionoya Nature Commun. 13, 4288-1-9 (2022).

新型コロナウイルスのRNA依存性RNAポリメラーゼにおけるレムデシビルのバケツリレー

新型コロナウイルスの遺伝子を複製するタンパク質（RNA依存性RNAポリメラーゼ）にレムデシビルが取り込まれる過程を分子動力学シミュレーションで解明しました。レムデシビルにはマイナス電荷を持つリン酸基があり、RNAポリメラーゼの結合サイトにはMg2+イオンがあります。さらにRNAポリメラーゼにはプラス電荷を持つアミノ酸であるリジン残基が結合サイトに向かって一列に並んでいます。リジン残基がレムデシビルのリン酸基を引きよせ、それを隣のリジン残基に受け渡すことを繰り返しながら、バケツリレーのように薬剤を結合サイトに運んでいることが明らかになりました。

S. Tanimoto, S. G. Itoh, and H. Okumura: Biophys. J. (2021), DOI: 10.1016/j.bpj.2021.07.026, “Bucket brigade” using lysine residues in RNA-dependent RNA polymerase of SARS-CoV-2

生体分子マシンの機能ダイナミクスのシミュレーション

機能ダイナミクスは、生体分子マシンが働く仕組みを理解する上で必要不可欠である。例えば、膜輸送タンパク質（トランスポーター）は、内向き開構造と外向き開構造の間をいったりきたりすることで、膜をこえた基質輸送を行っている。このような生体分子マシンの全原子モデルでのシミュレーション系は数十万原子数にも及び、機能発現にかかる時間ミリ秒スケールの直接的なシミュレーションは困難であるが、ダイナミクスの促進や遷移ダイナミクスを集中的にサンプリングする手法によって、機能発現の瞬間の分子メカニズムを解明している。
K. Okazaki, D. Wöhlert, J. Warnau, H. Jung, Ö. Yildiz, W. Kühlbrandt and G. Hummer, Nat. Commun. 10, 1742 (2019)

第一原理反応ダイナミクスと反応経路自動探索

化学反応は固有反応座標（IRC）に沿って起こるのか？ 金5量体に対しab initio MD計算による古典軌道をグローバル反応経路地図上にマッピングして動的経路を解析し、反応経路跳躍の概念を提案。

T. Tsutsumi, Y. Harabuchi, Y. Ono, S. Maeda, and T. Taketsugu, Phys. Chem. Chem. Phys., 20, 1364 (2018).

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新着情報

2022-04-28 みなし輸出管理の明確化に伴う対応について(2022/5/1~)

これまで外為法では非居住者のみが規制対象となっていましたが、2022/5/1 より、
居住者であっても事実上同一であるほどに非居住者から影響を受けている場合(特定類型)には、
「みなし輸出」の管理対象となることになりました。(参考: 利用資格)
日本国籍の日本人がこの特定類型に該当することもあります。
これを受けて、当センターでも必要な対応を行っていくこととなりました。詳細については以下をご確認ください。
(5/16 更新) NOUSの申請書式の修正が完了しました。新規利用申請の受付も再開しました。
2022-04-27 5/12(木) 9:00-17:00 NOUS 定期メンテナンス

5/12(木) 9:00-17:00 の間、利用申請システム NOUS が定期メンテナンスのために停止します。
なお、作業の進捗状況により、サービス再開の時刻が早まる可能性があります。
2022-04-04 4/24(日) 10:00-11:00 更新作業のためネットワーク一時停止(予備日: 4/26)

ネットワーク上流での更新作業のため、4/24(日) 10:00-11:00 にネットワークの停止が予定されております。
投入済、実行中のジョブについてはこの作業の影響を受けませんが、
このウェブサイトの閲覧やフロントエンドノード(ccfep)への接続は一時的にできなくなります。
(4/26 更新) 4/24 の作業は予定通り完了しました
2022-03-08 3/16(水) 12:00-13:00 NOUS臨時システムメンテナンス

臨時のシステムメンテナンスのため、3/16(水) 12:00-13:00 の間、NOUS がご利用いただけません。
ご不便をおかけしますが、ご理解、ご協力のほどよろしくお願いいたします。
2022-02-04 (3/29 情報更新) 3/26(土) 10:00-13:00: 更新のためネットワーク停止

上流の設備更新のため、以下の期間でネットワークの一時停止が予定されています。

  • 3/26(土) 10:00-13:00

当初 3/27(日) の予定でしたが、3/26(土) に変更となりました。ご注意ください。
投入済のジョブには影響ありませんが、フロントエンドノードへのログインや当ウェブサイトへのアクセスはできなくなります。
データのバックアップ等については上記時間に加えて、その周辺の時間も避けるようお願いいたします。
影響時間の詳細等、情報は順次更新していきます。ご迷惑をおかけしますが、ご理解ご協力のほどよろしくお願い申し上げます。
2022-02-01 2/17(木) 9:00-17:00 NOUS 定期メンテナンス

2/17(木) 9:00-17:00 の間、利用申請システム NOUS が定期メンテナンスのために停止します。
メンテナンス中は新規申請等の操作が行えませんのでご注意ください。
なお、作業の進捗状況により、サービス再開の時刻が早まる可能性があるとのことです。

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