現在地

Molpro 2021.1.0

ウェブページ

https://www.molpro.net/

バージョン

2021.1.0 (latest commit: 2021/5/12 17:52:32 +0100)

ビルド環境

  • GCC 9.3.1 (devtoolset-9)
  • Intel Parallel Studio 2018 update4 (mkl and mpi)
  • Global Arrays Toolkit 5.8

ビルドに必要なファイル

  • Molpro_release.tar.gz (ダウンロードした Molpro_release を tar.gz で固めたもの)
  • ga-5.8.tar.gz
  • work.patch (/local/apl/lx/molpro2021.1.0/patches/work.patch; work directory のデフォルトを変更)
  • binput.patch (/local/apl/lx/molpro2021.1.0/patches/binput.patch; 巨大な CI 計算のためのパラメータ変更)
  • token

ビルド手順

#!/bin/sh

GA_VERSION=5.8
GA_ARCHIVE=/home/users/${USER}/Software/GlobalArrays/${GA_VERSION}/ga-${GA_VERSION}.zip

MOLPRO_VERSION=2021.1.0
MOLPRO_DIRNAME=Molpro_release
PARALLEL=12
BASEDIR=/home/users/${USER}/Software/Molpro/${MOLPRO_VERSION}
MOLPRO_TARBALL=${BASEDIR}/${MOLPRO_DIRNAME}.tar.gz
PATCH0=${BASEDIR}/work.patch
PATCH1=${BASEDIR}/binput.patch
TOKEN=${BASEDIR}/token

WORKDIR=/work/users/${USER}
GA_INSTALLDIR=${WORKDIR}/ga-temporary
INSTALLDIR=/local/apl/lx/molpro${MOLPRO_VERSION}

#------------------------------------------
umask 0022
ulimit -s unlimited

export LANG=
export LC_ALL=C
export OMP_NUM_THREADS=1

cd $WORKDIR
if [ -d ga-${GA_VERSION} ]; then
  mv ga-${GA_VERSION} ga_tmp
  rm -rf ga_tmp &
fi
if [ -d ga-temporary ]; then
  mv ga-temporary ga_tmp_tmp
  rm -rf ga_tmp_tmp &
fi
if [ -d ${MOLPRO_DIRNAME} ]; then
  mv ${MOLPRO_DIRNAME} molpro_tmp
  rm -rf molpro_tmp &
fi

module purge
module load scl/devtoolset-9
module load mkl/2018.0.4
module load mpi/intelmpi/2018.4.274

unzip -q ${GA_ARCHIVE}
#tar zxf ${GA_ARCHIVE}
cd ga-${GA_VERSION}

export CFLAGS="-mpc80"
export FFLAGS="-mpc80"
export FCFLAGS="-mpc80"
export CXXFLAGS="-mpc80"

export F77=mpif90
export F90=mpif90
export FC=mpif90
export CC=mpicc
export CXX=mpicxx
export MPIF77=mpif90
export MPICC=mpicc
export MPICXX=mpicxx
export GA_FOPT="-O3"
export GA_COPT="-O3"
export GA_CXXOPT="-O3"

./autogen.sh
./configure --enable-i8 \
            --with-mpi3 \
            --prefix=${GA_INSTALLDIR}

make -j ${PARALLEL}
make check
make install
cp config.log ${GA_INSTALLDIR}

cd ../
tar zxf ${MOLPRO_TARBALL}
cd ${MOLPRO_DIRNAME}

patch -p0 < ${PATCH0}
patch -p0 < ${PATCH1}

export PATH="${GA_INSTALLDIR}/bin:$PATH" # where ga-config exists

CPPFLAGS="-I${GA_INSTALLDIR}/include" \
LDFLAGS="-L${GA_INSTALLDIR}/lib" \
    ./configure --prefix=${INSTALLDIR} \
                --enable-slater

sed -i -e "s/^VERBOSE.*$/VERBOSE=/" CONFIG

make -j ${PARALLEL}
cp $TOKEN lib/.token

make tuning

## manually modify tuning parameters!
#sed -i -e "s/tuning-mindgm.*/tuning-mindgm 0001/" \
#       -e "s/tuning-mindgc.*/tuning-mindgc 0001/" \
#       -e "s/tuning-mindgr.*/tuning-mindgr 0001/" \
#       -e "s/tuning-mindgl.*/tuning-mindgl 0001/" \
#       -e "s/tuning-mindgv.*/tuning-mindgv 0001/" lib/tuning.rc

MOLPRO_OPTIONS="" make quicktest
MOLPRO_OPTIONS=-n2 make test

# failed tests: gly2_pnolccsd.test

#make install # do it manually
#install -m 644 lib/.token ${INSTALLDIR}/molpro*/lib # do it manually
#cp -a testjobs ${INSTALLDIR}/molpro*/
#cp -a bench ${INSTALLDIR}/molpro*/

テスト

ga

  • global/testing/testmult.x は 10 分以上待っても終わらないため、手動で kill している。(FAIL)
    • 固まった状態では全 4 プロセス中、3 つが wait 状態で残り 1 つは何かを send しようとしているように見える
    • GA_FOPT 等の最適化フラグをデフォルトに任せても改善せず

molpro

  • シリアルの quicktest は全てパス
  • MPI 並列については gly2_pnolccsd.test が数値エラー

メモ

  • 今回も 2020.1.2 と同じく gcc-9 を利用
  • ga では mkl を利用すると動作がおかしいために利用せず(明示的に指定しない限りは使われない気配)
  • ga の configure で --with-mpi3 を与えない場合は molpro の acrolein_excincr.test 等のテストが完全に固まる
    • --with-mpi-pr については未検証
    • --with-ofi についてはビルドできず
  • 今回の molpro では 8 バイト整数化した blas, lapack (mkl) が使えない?configure でどうしてもエラーになる
  • molpro と ga の blas は互換でないといけないため、ga でも blas8 は回避
  • molpro のビルドに mkl 2020.0.2 を使っても gly2_pnolccsd.test は数値エラーが発生し、追加で h2o_pnolccsdf12.test 等がエラー終了する