GENESIS 1.4.0 for LX with GPU support

ウェブページ

https://www.r-ccs.riken.jp/labs/cbrt/

バージョン

1.4.0

ビルド環境

  • Intel Parallel Studio XE 2018 Update 4
  • CUDA 9.1

ビルドに必要なファイル

  • genesis-1.4.0.tar.bz2
  • tests-1.4.0.tar.bz2

ビルド手順

#!/bin/sh

VERSION=1.4.0
BASEDIR=/home/users/${USER}/Software/GENESIS/${VERSION}
SRC_TARBALL=${BASEDIR}/genesis-${VERSION}.tar.bz2
TESTS_TARBALL=${BASEDIR}/tests-${VERSION}.tar.bz2

INSTALLDIR=/local/apl/lx/genesis140-CUDA

WORKDIR=/work/users/${USER}
BUILDDIR=${WORKDIR}/genesis-${VERSION}
TESTSDIR=${WORKDIR}/tests-${VERSION}

PARALLEL=12
PARALLEL_TESTS=8

# ----------------------------------------------------------------------------
umask 0022

module purge
module load intel_parallelstudio/2018update4
module load cuda/9.1

export LANG=C
export LC_ALL=C
export OMP_NUM_THREADS=1

cd ${WORKDIR}
if [ -d genesis-${VERSION} ]; then
  mv genesis-${VERSION} genesis-erase
  rm -rf genesis-erase &
fi

if [ -d tests-${VERSION} ]; then
  mv tests-${VERSION} tests-erase
  rm -rf tests-erase &
fi

tar jxf ${SRC_TARBALL}
tar jxf ${TESTS_TARBALL}

cd ${BUILDDIR}
FC=mpiifort CC=mpiicc \
    ./configure --prefix=${INSTALLDIR} \
                --enable-gpu \
                --enable-single \
                --with-cuda=/local/apl/lx/cuda-9.1

make depend
make -j ${PARALLEL} && make install

SPDYN=${INSTALLDIR}/bin/spdyn

cd ${TESTSDIR}/regression_test

# spdyn tests
./test.py       "mpirun -np ${PARALLEL_TESTS} $SPDYN" gpu
./test_remd.py  "mpirun -np ${PARALLEL_TESTS} $SPDYN" gpu
./test_rpath.py "mpirun -np ${PARALLEL_TESTS} $SPDYN" gpu
./test_gamd.py  "mpirun -np ${PARALLEL_TESTS} $SPDYN" gpu

メモ

  • ビルドとテストは ccgpuv で行っています。
    • PME を使わないテスト (REMD テストの 9 個) は、GPUバージョンでは利用不可能な機能に依存するために失敗しています。
    • 他全てのテストは正常に通過しています。
  • バイナリ(spdyn)は P100, V100 のどちらでも動作します(ccgpup, ccgpuv で確認)。
  • PTX 及び cubin のバージョンについては、35, 37, 61 (バージョン 3.5, 3.7, 6.1 に対応)だけが明示的に指定されています。V100 (7.0)はネイティブにはサポートされていません。
    • 厳密に言えば P100 (6.0) もネイティブにはサポートされていないかもしれません(?)
View PDF