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LAMMPS 16Mar18 (stable release) for LX with GPU support

ウェブページ

http://lammps.sandia.gov/

バージョン

16Mar18

ビルド環境

  • Intel Compiler 2015.1.133
  • Intel MPI 5.0.2
  • Intel MKL 11.2.1
  • CUDA 8.0.61
  • libjpeg-turbo 1.2.90

ビルドに必要なファイル

  • lammps-stable.tar.gz (16Mar18)
  • (一部ファイルは以下スクリプト中で取得)

ビルド手順

#!/bin/sh

VERSION=16Mar18
INSTALL_PREFIX=/local/apl/lx/lammps16Mar18-CUDA8

BASEDIR=/home/users/${USER}/Software/LAMMPS/${VERSION}
LAMMPS_TARBALL=${BASEDIR}/lammps-stable.tar.gz
WORKDIR=/work/users/${USER}

PARALLEL=12

#-- libs

VMD_PLUGIN_INC=`echo /local/apl/lx/vmd193/lib/plugins/include | sed -e 's/\//\\\\\//g'` # molfile
VORO_VER=0.4.6 # voronoi
VORO=http://math.lbl.gov/voro++/download/dir/voro++-${VORO_VER}.tar.gz

#------------------------------------------------------------------
umask 0022

. /local/apl/lx/intel2015update1/bin/compilervars.sh intel64

cd ${WORKDIR}
if [ -d lammps-${VERSION} ]; then
  mv lammps-${VERSION} lammps_erase
  rm -rf lammps_erase &
fi

tar zxf ${LAMMPS_TARBALL}
cd lammps-${VERSION}

# setup makefiles, libraries, and external resources
## main
sed -e "/intel_cpu_intelmpi/s/.*/# rccs = USER-INTEL package, Intel MPI, MKL FFT/" src/MAKE/OPTIONS/Makefile.intel_cpu > src/MAKE/MINE/Makefile.rccs
## atc
( cd lib/atc && \
  sed -e s/icc/mpiicc/ -e s/lammps.installed/lammps.empty/ Makefile.icc > Makefile.rccs && \
  make -f Makefile.rccs -j ${PARALLEL} && \
  cd ../../ )
## awpmd
( cd lib/awpmd && \
  sed -e s/linalg/empty/ -e s/mpicxx/mpiicc/ Makefile.mpi > Makefile.rccs && \
  make -f Makefile.rccs -j ${PARALLEL} && \
  cd ../../ )
## colvars
( cd lib/colvars && \
  sed -e s/mpicxx/mpiicc/ -e s/-funroll-loops/-unroll/ Makefile.mpi > Makefile.rccs && \
  make -f Makefile.rccs -j ${PARALLEL} && \
  cd ../../ )
## gpu
( cd lib/gpu && \
  sed -e "/^CUDA_ARCH/s/arch=sm.*/arch=sm_60/" \
      -e "/^CUDA_LIB/s/$/ -L\$(CUDA_HOME)\/lib64\/stubs/" \
      -e "s/mpicxx/mpiicpc/" \
      Makefile.linux > Makefile.rccs && \
  make -f Makefile.rccs -j ${PARALLEL} && \
  sed -i -e "/^gpu_SYSPATH/s/$/ -L\$(CUDA_HOME)\/lib64\/stubs/" \
      Makefile.lammps &&
  cd ../../ )
## h5md
( cd lib/h5md && \
  make -f Makefile.mpi -j ${PARALLEL} && \
  cd ../../ )
## meam
( cd lib/meam && \
  sed -e s/mpifort/mpiifort/ -e s/mpicc/mpiicc/ -e s/mpicxx/mpiicpc/ Makefile.mpi > Makefile.rccs && \
  make -f Makefile.rccs -j ${PARALLEL} && \
  cd ../../ )
### molfile
( cd lib/molfile && \
  sed -i -e "s/molfile_SYSINC.*/molfile_SYSINC =-I$VMD_PLUGIN_INC/" Makefile.lammps && \
  cd ../../ )
## poems
( cd lib/poems && \
  make -f Makefile.icc -j ${PARALLEL} && \
  cd ../../ )
## reax
( cd lib/reax && \
  make -f Makefile.ifort -j ${PARALLEL} && \
  cd ../../ )
## voronoi
( cd lib/voronoi && \
  wget ${VORO} && \
  tar zxf voro++-${VORO_VER}.tar.gz && \
    cd voro++-${VORO_VER} && \
    sed -i -e "s/^CXX=.*/CXX=icpc/" -e "s/^CFLAGS=.*/CFLAGS=-Wall -O3 -fPIC/" config.mk && \
    make -j ${PARALLEL} && \
    cd ../ && \
  ln -s voro++-${VORO_VER}/src includelink && \
  ln -s voro++-${VORO_VER}/src liblink && \
  cd ../../ )

#----

# now make lammps
cd src
make yes-all no-ext
make no-KOKKOS \
     yes-GPU \
     no-LATTE \
     yes-VORONOI \
     yes-USER-H5MD \
     yes-USER-MOLFILE \
     yes-USER-NETCDF
make -j ${PARALLEL} rccs
make -j ${PARALLEL} rccs mode=shlib
cd ../

# mkdir and install files
mkdir -p ${INSTALL_PREFIX}/src
cp src/lmp_rccs src/liblammps_rccs.so src/*.h ${INSTALL_PREFIX}/src
ln -s ${INSTALL_PREFIX}/src/liblammps_rccs.so ${INSTALL_PREFIX}/src/liblammps.so
cp -r LICENSE \
      README \
      bench/ \
      doc/ \
      examples/ \
      potentials/ \
      python/ \
      tools/ \
   ${INSTALL_PREFIX}

パッケージリスト

ASPHERE, BODY, CLASS2, COLLOID, COMPRESS, CORESHELL, DIPOLE, GPU, GRANULAR
KSPACE, MANYBODY, MC, MEAM, MISC, MOLECULE, MPIIO, OPT, PERI, POEMS
PYTHON, QEQ, REAX, REPLICA, RIGID, SHOCK, SNAP, SRD, VORONOI

USER-ATC, USER-AWPMD, USER-CGDNA, USER-CGSDK, USER-COLVARS,
USER-DIFFRACTION, USER-DPD, USER-DRUDE, USER-EFF, USER-FEP,
USER-H5MD, USER-INTEL, USER-LB, USER-MANIFOLD, USER-MEAMC,
USER-MESO, USER-MGPT, USER-MISC, USER-MOLFILE, USER-NETCDF,
USER-OMP, USER-PHONON, USER-QTB, USER-REAXC, USER-SMTBQ,
USER-SPH, USER-TALLY, USER-UEF

テスト

  • シリアルのテスト(via run_tests.py) については通過(legacyテストは除く)
  • 並列テストについては、非GPU版と同じ方法で実行
  • コンパイラのバージョンが違うものの、非GPU版でエラーになったテストはこちらでも同じようにエラーになりました(エラー時の数値には差があり)
    • 詳細についてはそちらのページをご覧ください。

注意点

  • ファイルは /local/apl/lx/lammps16Mar18-CUDA8/ 以下にあります(/local/apl/lx/lammps16Mar18-CUDA でもアクセスできます)
  • 実行バイナリ(lmp_rccs)とライブラリは src/ 以下にあります。(bin/ というシンボリックリンクからもアクセスできます)
  • サンプルは samples/ ディレクトリに置いてあります。
  • pythonのファイルについてもpython/以下にコピーしました
  • lammpsの src/ 内にあったヘッダファイルはまとめて src/ 以下にコピーしてあります。
  • latteはlammpsと組み合わせたものが正常に動作しなかったので導入せず
  • vmd molfile plugin の実体は /local/apl/lx/vmd193/lib/plugins/LINUXAMD64/molfile ディレクトリにあります