2016.5
(EOF内部の行で行頭のタブがスペースに置き換えられていることに注意してください)
#!/bin/sh
VERSION=2016.5
SCL_TOOLSET=devtoolset-4
INSTALL_PREFIX=/local/apl/lx/gromacs2016.5-gnuBASEDIR=/home/users/${USER}
GROMACS_TARBALL=${BASEDIR}/gromacs-${VERSION}.tar.gz
#REGRESSION=${BASEDIR}/regressiontests-${VERSION} # unpackedWORKDIR=/work/users/${USER}
#export OMP_NUM_THREADS=1#---------------------------------------------------------------------
umask 0022cd ${WORKDIR}
if [ -d gromacs-${VERSION} ]; then
mv gromacs-${VERSION} gromacs_erase
rm -rf gromacs_erase &
fitar xzf ${GROMACS_TARBALL}
cd gromacs-${VERSION}# single precision, no MPI
scl enable ${SCL_TOOLSET} bash <<-EOF
mkdir rccs-gnu-s
cd rccs-gnu-s
cmake .. \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \
-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
-DGMX_MPI=OFF \
-DGMX_GPU=OFF \
-DGMX_DOUBLE=OFF \
-DGMX_THREAD_MPI=ON \
-DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 \
-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF
make -j12 && make install
cd ..# double precision, no MPI
mkdir rccs-gnu-d
cd rccs-gnu-d
cmake .. \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \
-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
-DGMX_MPI=OFF \
-DGMX_GPU=OFF \
-DGMX_DOUBLE=ON \
-DGMX_SIMD=AVX2_256 \
-DGMX_THREAD_MPI=ON \
-DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 \
-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF
make -j12 && make install
cd ..# compiler setting for MPI versions
export CC=mpicc
export CXX=mpicxx
export F77=mpif90
export F90=mpif90
export FC=mpif90# single precision, with MPI
mkdir rccs-gnu-mpi-s
cd rccs-gnu-mpi-s
cmake .. \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \
-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
-DGMX_MPI=ON \
-DGMX_GPU=OFF \
-DGMX_DOUBLE=OFF \
-DGMX_THREAD_MPI=OFF \
-DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 \
-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF
make -j12 && make install
cd ..# double precision, with MPI
mkdir rccs-gnu-mpi-d
cd rccs-gnu-mpi-d
cmake .. \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \
-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
-DGMX_MPI=ON \
-DGMX_GPU=OFF \
-DGMX_DOUBLE=ON \
-DGMX_SIMD=AVX2_256 \
-DGMX_THREAD_MPI=OFF \
-DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 \
-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF
make -j12 && make install
cd ..
EOF
倍精度版は自動で決まるSIMD幅(AVX_512)でコンパイルするとエラーが出るので、5.1.5と同じ設定(AVX2_256)にしています。