Gromacs 2016.1 for Primargy
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バージョン
2016.1
ビルド環境
- Intel Compiler 16.0.2
- Intel MPI 5.1.3.181
- cmake 2.8.12
- g++ (GCC) 4.9.2
ビルドに必要なファイル
- gromacs-2016.1.tar.gz
ビルド手順
#!/bin/csh -f umask 022 set file_gromacs=/home/users/${USER}/build/gromacs2016.1/gromacs-2016.1.tar.gz set prefix=/local/apl/pg/gromacs2016.1 set work=/work/users/${USER} #------------------------------------------------------------------------------ cat <<EOF | scl enable devtoolset-3 csh cd ${work} if (-d gromacs-2016.1) then mv gromacs-2016.1 gromacs-erase rm -rf gromacs-erase & endif tar xzf ${file_gromacs} cd gromacs-2016.1 # setenv CC icc setenv CXX icpc setenv F77 ifort setenv F90 ifort setenv FC ifort mkdir rccs-s cd rccs-s cmake28 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${prefix} \ -DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \ -DGMX_MPI=OFF \ -DGMX_GPU=OFF \ -DGMX_DOUBLE=OFF \ -DGMX_THREAD_MPI=OFF \ -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \ -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF make -j 12 make install cd .. # mkdir rccs-d cd rccs-d cmake28 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${prefix} \ -DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \ -DGMX_MPI=OFF \ -DGMX_GPU=OFF \ -DGMX_DOUBLE=ON \ -DGMX_THREAD_MPI=OFF \ -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \ -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF make -j 12 make install cd .. # setenv CC mpiicc setenv CXX mpiicpc setenv F77 mpiifort setenv F90 mpiifort setenv FC mpiifort mkdir rccs-mpi cd rccs-mpi cmake28 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${prefix} \ -DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \ -DGMX_MPI=ON \ -DGMX_GPU=OFF \ -DGMX_DOUBLE=OFF \ -DGMX_THREAD_MPI=OFF \ -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \ -DMPIEXEC=/opt/intel/impi/5.1.3.181/intel64/bin/mpirun \ -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF make -j 12 make install cd .. # mkdir rccs-mpi-d cd rccs-mpi-d cmake28 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${prefix} \ -DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \ -DGMX_MPI=ON \ -DGMX_GPU=OFF \ -DGMX_DOUBLE=ON \ -DGMX_THREAD_MPI=OFF \ -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \ -DMPIEXEC=/opt/intel/impi/5.1.3.181/intel64/bin/mpirun \ -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF make -j 12 make install cd .. EOF