現在地

平成24年度運用

廃止

施設利用Sならびに特別利用キューを平成24年度より廃止します。

超高速分子シミュレータシステムが下記の様に更新されます。

超高速分子シミュレータシステム

更新された当システムは、下記の通り運用を開始します。

2月1日からテスト運用(課金をしません)

3月定期メンテナンス時から正式課金

高速I/Oサーバシステム

SGI UV1000では、ジョブ管理(PBS Professional)によるバッチ処理を行っています。

 

◆演算処理装置
主記憶容量 9.2TB(16GB/Core)
総理論演算性能 6.1TFLOPS
CPUCore数 576

 

◆磁気ディスク装置(アレイディスク)
総容量 400TB (SGI CXFS)
(内訳)

一時作業ファイル領域

( /work )

400TB

クラスタ演算サーバ

富士通 PRIMERGY RX300では、ジョブ管理(PBS Professional)によるバッチ処理を行っています。

下記より詳細な情報提供は4月以降となります。ご了承ください。

◆演算処理装置
主記憶容量 4GB/Core

8GB/Core
CPUCore数 16Core/node

 

◆磁気ディスク装置(アレイディスク)
総容量 390TB (pNFS)
(内訳)

一時作業ファイル領域

( /work )

390TB

京開発サーバ

富士通 PRIMEHPC FX10では、ジョブ管理(PARANavi)によるバッチ処理を行っています。

◆演算処理装置
主記憶容量 3TB
総理論演算性能 20TFLOPS
CPUCore数 1536

 

◆磁気ディスク装置(アレイディスク)
総容量 48B 
(内訳)

一時作業ファイル領域

( /work )

48TB

外部磁気ディスク

Panasas ActiveStor PAS11及びPAS12

◆磁気ディスク装置(アレイディスク)
総容量 1,120TB 
(内訳)

一時作業ファイル領域

( /work )

390TB(クラスタ演算サーバ)

短期保存ファイル領域

( /week )

390TB(高速I/Oサーバ、クラスタ演算サーバ)

長期保存ファイル領域

( /save )

193TB(高速I/Oサーバ、クラスタ演算サーバ)
アプリケーション領域 147TB

高性能分子シミュレータ

SR16000では、ジョブ管理(LoadLeveler)によるバッチ処理を行っています。

◆演算処理装置
主記憶容量 2,304GB(256GB × 9)
総理論演算性能 601.6 GFLOPS × 9 (18.8GFLOPS/CPUCore)
CPU台数 576 (64 × 9)

OSは、1CPUCoreを2CPUと認識しています。

◆磁気ディスク(アレイディスク)装置
◆磁気ディスク(アレイディスク)装置 23TB
(内訳)
一時作業ファイル領域( /work ) 23TB
 

運用変更

課金係数

システム名 課金係数

標準時間の課金係数

(課金係数/400)

UV1000

0.01

0.0220

0.000055
PRIMERGY

0.008

0.0110

0.0000275
PRIMEHPC

0.016

0.0070

0.0000175
SR16000

0.013

0.0165

0.00004125

実CPU1時間あたりの計算機利用時間(時間)= (課金係数/400) × 3600
課金(点) = ジョブ経過時間 × CPU数 × 課金係数

課金係数:ジョブ経過時間(秒)に乗算される係数
400:申請CPU1時間に対して割り当てられる点数
ジョブ経過時間 : ジョブの終了時間から開始時間を引いた時間
CPU数 : ジョブに割り当てられたCPU数

消費CPU時間(時)= CPU数 × 標準時間の課金係数 × 3600

マシン別コストパフォーマンス

各マシン1Coreにおける1時間当たりの利用標準時間は、以下の表のようになります。
(注意)
    1.1Core演算性能は、理論ピーク性能を搭載COre数で除算した1Coreあたりの性能です。
    2.CP(コストパフォーマンス)は浮動少数演算10億回得るのに必要な利用標準時間で、小さい方がお得です。
    3.CP算出式は、(利用標準時間÷演算性能)です。 

 

マシン名  CP 実CPU1時間あたりの
計算機利用時間

1Core演算性 

(GFLOPS)

UV1000 0.0136
0.0187
0.144
0.198
10.6
PRIMERGY 0.0031
0.0043
0.072
0.099
23.1
PRIMEHPC

0.0111
0.0048

0.144
0.063
13
SR16000 0.0124
0.0079

0.117

0.1485

18.8

標準CPU時間(施設利用A)

平成23年度まで標準CPU時間は1,000時間でしたが、システム更新に伴い3,000時間に引き上げます。

CPU時間上限(施設利用B)

施設利用Bにおいて、申請出来るCPU時間の上限を600,000時間とします。

(計算物質科学イニシアティブ利用枠を同時に申請しているグループは、計算物質科学イニシアティブとの合算した値)

標準ディスク容量の変更

使用可能なディレクトリ容量の標準値は、
ホームディレクトリ(/home)は、一人当たり10GB
短期保存ファイル(/week)は、1グループあたり100GB
長期保存ファイル(/save)は、1グループあたり100GBです。
不足しそうな場合には、ディスク容量の追加申請を行って下さい。

クラスタ占有利用制度(新設)

クラスタ演算サーバに限り、最小で512core以上、最大で2048core以内において、7日間を1単位として最大12単位の期間最長10日間、占有割り当てサービスを行います。
ただし、1つのジョブだけで512core以上を使う必要はありません。
施設利用申請等許可後3ヶ月に一度クラスタ占有申請を受付し、審査委員の審査により利用を認めるか否か判断します。
承認された研究テーマについては計算科学研究センター側と実施打ち合わせを行って、定期メンテナンス後からスタートするようにスケジューリングします。
平成24年度の利用申請が許可されたグループが申請できます。

申請にあっては十分な許可時間を有している必要があります。
この制度で割り当てられている期間はジョブを流しているか否かにかかわらず許可時間は消費されます。

高速I/Oサーバ利用キュー(新設)

SGI UV1000を利用したい場合は、申請書に希望理由を記述の上申請してください。
高速I/Oサーバ利用キューは通常キューと同時に利用可能なため、同時実行数が増える他、I/O速度が高速である/workディスクやCPU間が高速インターコネクト接続の高SMP環境(最大256Core)が利用可能でありますので、ジョブの高速化を期待することができます。

「京」開発サーバ利用キュー(新設)

富士通 PRIMEHPC FX10を利用したい場合は、申請書に希望理由を記述の上申請してください。
「京」用開発サーバ利用では、多ノード(概ね72ノード程度)、少ノード(概ね 12ノード程度)による2種類のキューを用意します。
ただし、当センターとして「京」用開発サーバで一般に使えるアプリケーションは提供しません。

 

実行時間宣言

各ジョブに実行時間の宣言が必要になります。
メンテナンス期間 (専用時間 dedicated time) で強制中断されない様に、長時間ジョブはメンテナンス開始時間から逆算して終了不能状況になった時点で実行抑制させます。 このため新キューでは時間制限値を設定しません。すなわち最長1ヶ月弱(720時間程度)の計算が可能になります。
この機能を新たに設定することで従来の特別利用キューは廃止します。

その他のキュー構成方針

基本的に FIFO (First In First Out) で実行します。
最前列が高並列ジョブ時に、必要ノード数確保で待機中で実行できそうな低並列短時間ジョブを追い越し実行 (Backfill 機能) させることで利用効率をあげます。
実行ジョブ数制限値を一律に設定するのではなく、許可時間量に応じて設定します。これにより許可時間が多いグループのthrough putを向上させます。
ジョブ投入数(実行ジョブ+キュー待ちジョブ)に上限値を設定します。
この値も許可時間量に応じて設定します。
逐次実行ジョブ(ジョブの依存関係を設定する機能)をサポートします。
一度に複数ジョブを投入する場合で、BというジョブはAというジョブが終了後でないと実行して欲しくない様にジョブの実行順序依存性がある場合に、オプション指定することで依存関係を指示できるようになります。
デバッグ等に配慮し、実行時間が 10分程度のジョブは高プライオリティ設定します。 ただし、投入制限数は少なめに設定します。

 

報告書、発表の義務(改訂)

年度ごとに提出していただく報告書のページ数は許可時間に応じて以下のように決められていますが、クラスタ占有利用制度を利用した場合、余分に2ページ多く書いていただきます。

許可時間 報告書必要ページ数
3,000時間以下 1ページ
3,001時間から10,000時間以下 2ページ
10,001時間から100,000時間以下 4ページ
100,001時間から600,000時間以下 6ページ
クラスタ占有利用制度利用グループ +2ページ

また、クラスタ占有利用制度を利用した場合、スーパーコンピューターワークショップでの発表の義務があります。