Amber16-bf15 for LX

ウェブページ

http://ambermd.org/

バージョン

Amber16+bugfix15
AmberTools17+bugfix10

ビルド環境

  • Intel Compiler 17.0.4.196
  • Intel MKL 2017 update 3
  • Intel MPI 2017.0.3
  • CUDA 8.0.61
  • Python 2.7
  • gcc 4.8.5

ビルドに必要なファイル

  • Amber16.tar.bz2
  • AmberTools17.tar.bz2
  • (スクリプト内でダウンロードするファイル群)

ビルド手順

#!/bin/sh

VERSION=16
TOOLSVERSION=17

INSTALL_DIR="/local/apl/lx/amber${VERSION}-bf15"
TARBALL_DIR="/home/users/${USER}"

export AMBERHOME=${INSTALL_DIR}
# cuda 8.0
export CUDA_HOME="/local/apl/lx/cuda-8.0"

PARALLEL=12

#----------------------------------------------------------------------

# install directory has to be prepared before running this script
if [ ! -d $AMBERHOME ]; then
  echo "Create $AMBERHOME before running this script."
  exit 1
fi

# the install directory must be empty
if [ "$(ls -A $AMBERHOME)" ]; then
  echo "Target directory $AMBERHOME not empty"
  exit 2
fi

ulimit -s unlimited

# prep files
cd $AMBERHOME
bunzip2 -c ${TARBALL_DIR}/Amber${VERSION}.tar.bz2 | tar xf -
bunzip2 -c ${TARBALL_DIR}/AmberTools${TOOLSVERSION}.tar.bz2 | tar xf -

mv amber${VERSION}/* .
rmdir amber${VERSION}

module purge
module load cuda/8.0
module load intel_parallelstudio/2017update4

export LANG=C

# apply patches if exists
./update_amber --update
# configure python separately (miniconda)
AmberTools/src/configure_python

echo "[GPU serial edition (three versions)]"
./configure --no-updates -cuda gnu
sed -i -e "/CU_LIBS/s/lib64/lib64 -L\$(CUDA_HOME)\/lib64\/stubs/" AmberTools/src/config.h
sed -i -e "/CUDALIB=/s/lib64/lib64 -L\$(CUDA_HOME)\/lib64\/stubs/" AmberTools/src/quick/Makefile
sed -i -e "/LDFLAGS=/s/lib64/lib64 -L\$(CUDA_HOME)\/lib64\/stubs/" AmberTools/src/cpptraj/config.h
make -j${PARALLEL} install && make clean

echo "[GPU parallel edition (three versions)]"
./configure --no-updates -mpi -cuda gnu
sed -i -e "/CU_LIBS/s/lib64/lib64 -L\$(CUDA_HOME)\/lib64\/stubs/" AmberTools/src/config.h
sed -i -e "/CUDALIB=/s/lib64/lib64 -L\$(CUDA_HOME)\/lib64\/stubs/" AmberTools/src/quick/Makefile
sed -i -e "/LDFLAGS=/s/lib64/lib64 -L\$(CUDA_HOME)\/lib64\/stubs/" AmberTools/src/cpptraj/config.h
make -j${PARALLEL} install && make clean
# tests of GPU versions will be done elsewhere

echo "[CPU serial edition]"
./configure --no-updates -mkl intel
make -j${PARALLEL} install
. ${AMBERHOME}/amber.sh
make test.serial
make clean

echo "[CPU openmp edition]"
./configure --no-updates -openmp -mkl intel
make -j${PARALLEL} install
make test.openmp
make clean

echo "[CPU parallel edition]"
./configure --no-updates -intelmpi -mkl intel
make -j${PARALLEL} install
export DO_PARALLEL="mpirun -np 2"
make test.parallel
export DO_PARALLEL="mpirun -np 4"
cd test && make test.parallel.4proc

cd $AMBERHOME
make clean && chmod 700 src

注意

  • ファイルは /local/apl/lx/amber16-bf15 以下にインストールされています。
  • サンプルは samples/ 以下にあります。
  • 環境設定スクリプト(amber.sh, amber.csh)は /local/apl/lx/amber18-bf1 直下にあります。
  • テストのログは/local/apl/lx/amber16-bf15/logs/以下に置いてあります。cuda版以外のテストはフロントエンドノードで行っています。
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