Gromacs 2018.1 for LX (gcc)
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http://www.gromacs.org/バージョン
2018.1ビルド環境
- GCC 6.3.1
- Intel MKL 2018 Update 2
- Intel MPI 2017.3.196
- FFTW 3.3.2 (SSE enabled)
- cmake 3.8.2
ビルドに必要なファイル
- gromacs-2018.1.tar.gz
- (regressiontests-2018.1.tar.gz; テストセット)
ビルド手順
(EOF内部の行で行頭のタブがスペースに置き換えられていることに注意してください)#!/bin/sh
VERSION=2018.1
SCL_TOOLSET=devtoolset-6
INSTALL_PREFIX=/local/apl/lx/gromacs2018.1-gnu
BASEDIR=/home/users/${USER}
GROMACS_TARBALL=${BASEDIR}/gromacs-${VERSION}.tar.gz
WORKDIR=/work/users/${USER}
CMAKE=/local/apl/lx/cmake3.8.2/bin/cmake
#---------------------------------------------------------------------
umask 0022
cd ${WORKDIR}
if [ -d gromacs-${VERSION} ]; then
mv gromacs-${VERSION} gromacs_erase
rm -rf gromacs_erase &
fi
tar xzf ${GROMACS_TARBALL}
cd gromacs-${VERSION}
# single precision, no MPI
scl enable ${SCL_TOOLSET} bash <<-EOF
mkdir rccs-gnu-s
cd rccs-gnu-s
${CMAKE} .. \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \
-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
-DGMX_MPI=OFF \
-DGMX_GPU=OFF \
-DGMX_DOUBLE=OFF \
-DGMX_THREAD_MPI=ON \
-DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 \
-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF
make -j12 && make install
cd ..
# double precision, no MPI
mkdir rccs-gnu-d
cd rccs-gnu-d
${CMAKE} .. \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \
-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
-DGMX_MPI=OFF \
-DGMX_GPU=OFF \
-DGMX_DOUBLE=ON \
-DGMX_THREAD_MPI=ON \
-DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 \
-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF
make -j12 && make install
cd ..
# compiler setting for MPI versions
export CC=mpicc
export CXX=mpicxx
export F77=mpif90
export F90=mpif90
export FC=mpif90
# single precision, with MPI
mkdir rccs-gnu-mpi-s
cd rccs-gnu-mpi-s
${CMAKE} .. \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \
-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
-DGMX_MPI=ON \
-DGMX_GPU=OFF \
-DGMX_DOUBLE=OFF \
-DGMX_THREAD_MPI=OFF \
-DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 \
-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF
make -j12 && make install
cd ..
# double precision, with MPI
mkdir rccs-gnu-mpi-d
cd rccs-gnu-mpi-d
${CMAKE} .. \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \
-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
-DGMX_MPI=ON \
-DGMX_GPU=OFF \
-DGMX_DOUBLE=ON \
-DGMX_THREAD_MPI=OFF \
-DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 \
-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF
make -j12 && make install
cd ..
EOF