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パッケージプログラム状態一覧

コンパイラ・ライブラリ

2019/7/8時点の状態です。

名前

バージョン 備考
Intel Parallel Studio XE 2019 update 1 icc 19.0.1.144
icpc 19.0.1.144
ifort 19.0.1.144
impi 2019 Update 1 (2019.1.144)
2018 update 4* icc 18.0.5
icpc 18.0.5
ifort 18.0.5
impi 2018.0.4
2018 update 2 icc 18.0.2
icpc 18.0.2
ifort 18.0.2
impi 2018.0.2
2017 update 8 icc 17.0.8
icpc 17.0.8
ifort 17.0.8
impi 2017.0.4
2017 update 4 icc 17.0.4
icpc 17.0.4
ifort 17.0.4
impi 2017.0.3
2015 update 1 icc 15.0.1
icpc 15.0.1
ifort 15.0.1
impi 5.0 Update 2
GCC 4.8.5*  
7.3.1 Devtoolset-7 Software Collections
6.3.1 Devtoolset-6 Software Collections
5.3.1 Devtoolset-4 Software Collections
4.9.2 Devtoolset-3 Software Collections
PGI Compilers and Tools 18.1-1*  
17.5-0  
16.5-0  
CUDA 9.1.85*  
8.0.61  
Python1 3.4.5 (python3のデフォルトバージョン)
2.7.5*  
3.7.3 (Anaconda3-2019.03)  
2.7.16 (Anaconda2-2019.03)  
Open MPI 4.0.0 (cxx サポート有り)
3.1.0  
2.1.3  

*: デフォルトのバージョン
1: Anacondaの導入も推奨しています
 

アプリケーションパッケージ

2019/9/10現在、以下のパッケージがインストールされています。プログラムの詳しい使用法は、ドキュメント等を参照してください。各演算ノードとフロントエンドの/local/apl/lx/以下にインストールされています。ビルドに関する情報はこちらのページにまとめられています。

名前 内容
ABINIT Package for material science within density functional theory, using a plane wave basis set and pseudopotentials.
AMBER Package of molecular simulation programs.
AutoDock Suite of automated docking tools.
CP2K A quantum chemistry and solid state physics software package.
CRYSTAL General-purpose programs for the study of crystalline solids.
DIRAC Computes molecular properties using relativistic quantum chemical methods (named after P. A. M. Dirac).
GAMESS General atomic and molecular electronic structure system.
Gaussian Ab initio molecular orbital calculations.
GENESIS Molecular dynamics and modeling software for bimolecular systems such as proteins, lipids, glycans, and their complexes.
GROMACS Fast, Free and Flexible MD
GRRM Automated Exploration of Reaction Pathways.
LAMMPS Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator.
Molcas / OpenMolcas Quantum chemistry software.
Molpro Complete system of ab initio programs.
NAMD Scalable molecular dynamics program.
NBO/NBOView Discovery tool for chemical insights from complex wavefunctions.
NTChem(注17) Comprehensive new software of ab initio quantum chemistry made in AICS from scratch.
NWChem Computational chemistry tools that are scalable both in their ability to treat large scientific computational chemistry problems
PSI4 Open-source suite of ab initio quantum chemistry programs designed for efficient, high-accuracy simulations of a variety of molecular properties.
Quantum ESPRESSO Integrated suite of Open-Source computer codes for electronic-structure calculations and materials modeling at the nanoscale.
Reaction Plus Program to obtain the transition state and reaction path along the user’s expected reaction mechanism.
SIESTA Efficient electronic structure calculations and ab initio molecular dynamics simulations of molecules and solids
SMASH Scalable Molecular Analysis Solver for High performance computing systems
TURBOMOLE One of the fastest programs for standard quantum chemical applications.
 
GaussView Viewer for Gaussian 09 / 16.
Luscus A portable GUI for MOLCAS and other quantum chemical software.
Molden Visualization program of molecular and structure.
VMD Molecular graphics viewer
パッケージプログラム名 バージョン リビジョン 導入日 備考
ABINIT 8.8.3   ◎ (2018/7/10)  
7.8.2    
ADF(注9)     (入手不可)  
Amber 18 bugfix 16 ○ (2019/9/10)☆ P100, V100 対応
18 bugfix 12 ◎ (2019/2/14)☆ P100, V100 対応
18 bugfix 11 ○ (2019/2/14)☆ V100 対応
18 bugfix 1 ○ (2018/6/4)☆ P100, V100 対応
16 bugfix 15 ○ (2018/7/25)☆ P100 対応
16 bugfix 10 ○ (2017/10/01) P100 対応
14 bugfix 11 ○ (2015/7/21)  
12 bugfix 21 ○ (2013/12/10)  
AutoDock 4.2.6    
CP2K 6.1.0   ○ (2018/11/22)☆‖ P100, V100 対応
CRYSTAL(注18) 14 1.0.4 ◎ (2016/5/11)  
DIRAC(注19) 18.0   ○ (2019/5/14)  
GAMESS 2018 Sep30 ◎ (2018/11/9)  
2018 Feb14 ○ (2018/3/19)  
2017 Nov11 ○ (2017/12/15)  
2017(注11) Apr20 ○ (2017/10/1)  
Gaussian 16 C.01 ○ (2019/8/2)▲△  
16 B.01 ◎ (2018/3/12)☆▲ P100 対応
16 A.03 ○ (2017/2/13)  
09 E.01 ◎ (2015/12/24)  
09 D.01 ○ (2013/7/25)  
09 C.01 ○ (2012/2/1)  
09 B.01 ○ (2012/2/7)  
GENESIS 1.3.0   ○  (2018/9/4) P100, V100 対応
1.1.6   ○ (2017/12/13) P100, V100 対応
1.1.5   ○  (2017/8/4)  
GROMACS 2019.2   ○ (2019/4/18)☆‖ P100, V100 対応
2018.7   ○ (2019/7/19)☆‖ P100, V100 対応
2018.6   ◎ (2019/3/27)☆‖ P100, V100 対応
2018.3   ○ (2018/9/4)☆‖ P100, V100 対応
2018.1(注14)   ○ (2018/4/17)  
2016.6   ○ (2019/2/22)☆‖ P100, V100 対応
2016.5   ○ (2018/4/17)☆‖ P100, V100 対応
2016.4   ○ (2017/10/01) P100, V100 対応
2016.3(注10)   ○ (2017/3/16) P100, V100 対応
2016.1(注10)   ○ (2017/2/2) P100, V100 対応
5.1.5(注12)   ○ (2018/4/17)☆‖ P100, V100 対応
5.1.4   ○ (2018/1/19) P100, V100 対応
4.5.5   ○ (2012/6/12)  
GRRM(注5) 14   ◎ (2015/7/29)  
11   ○ (2012/9/26)  
LAMMPS 22Aug18   ◎ (2018/11/6) P100 対応(lmp_rccs_gpu)
V100 対応(lmp_rccs_volta)
16Mar18(注15)   ○ (2018/5/10)☆‖
(2018/7/4 更新)
P100 対応
Molcas(注1) 8.2   ◎ (2017/10/1)  
Molpro(注2) 2019.1.2(注8)   ○ (2019/4/16)  
2018.2(注8)   ◎ (2018/12/20)  
2015.1(注8) 33 ○ (2018/6/12)  
2015.1(注8) 27 ○ (2017/12/14)  
2015.1(注8) 19 ○ (2017/10/1)  
2012.1(注8) 37 ○ (2016/4/19)  
NAMD 2.13   ◎ (2018/12/7) P100, V100 対応
2.11   ○ (2017/10/1) P100, V100 対応
NBO 7.0 2 ◎ (2019/1/23)  
6.0 18 ◎ (2018/3/16)  
6.0 15 ○ (2018/2/6)  
NTChem(注17) 2013.5.0   ◎ (2015/4/20)  
NWChem 6.8   ◎ (2018/1/22)  
OpenMolcas     ◎ (2019/6/7) 2019/6/4 時点の最新
PSI4 1.1   ◎ (2018/1/12)  
Quantum ESPRESSO 6.3   ◎ (2018/12/17)  
6.1   ○ (2017/9/14)  
5.4   ○ (2018/12/17)  
5.1.2   ○ (2015/4/8)  
ReactionPlus 1.0   ◎ (2018/1/22)  
SIESTA 4.0.2   ◎ (2019/3/14)  
3.1(注16)   ○ (2012/8/16)  
SMASH 2.2.0   ○ (2017/5/16)  
TURBOMOLE(注3) 7.4   ○ (2019/8/20)  
7.3   ◎ (2018/7/23)  
7.2.1   ○ (2017/12/12)  
7.2   ○ (2017/8/4)  
VASP(注4)     (入手不可)  
名前 バージョン リビジョン 起動コマンド 導入日
GaussView 6.0.16   gview6 ◎ (2017/2/2)
5.0.9   gview5 ◎ (2013/3/13)
Luscus 0.8.6   /local/apl/lx/luscus086/bin/luscus ◎ (2019/6/10)
Molden 5.7   molden ◎ (2016/11/22)
NBOView2 2   /local/apl/lx/nboview2/nboview2 ◎ (2018/2/6)
VMD 1.9.3   /local/apl/lx/vmd193/bin/vmd ◎ (2018/2/19)

◎: インストール済み。g16のような別名が設定されています。
○: インストール済み。g16a03のように指定する必要があります。
▲: NBO 6.0 対応
△: NBO 7.0 対応
☆: GPU版有
★: ビルド時にネイティブ対応をしていません。バージョン間の互換性を利用しているため、十全な性能が出ないかもしれません。
‖: GCC版とインテルコンパイラ版が利用可能

注意事項

(注1) molcasは、2020年1月29日にライセンス失効します。以後は OpenMolcas に切り替えの予定。
(注2) molproは、2020年9月15日にライセンス失効します。毎年更新予定。
(注3) 国内にいる非営利ユーザーのみ利用可能。2020年1月にライセンス失効する。毎年更新予定。
(注4) VASPは小規模の研究グループをライセンス単位としているため、本センターでは導入できません。(ライセンスを確認の上、ユーザーが独自にインストールして利用していただくことになります。)
(注5) 開発者作成の「利用ガイド」(GRRM14用/GRRM11用)と計算科学研究センター作成の「GRRM実行サンプル解説」(GRRM14用/GRRM11用)を参照してください。
(注8) SMILES (a package for molecular integrals with Slater functions)を有効にしてコンパイルしてあります。
(注9) ADFはライセンス費用が高額であるため、本センターでは導入できません。
(注10) double版は一部regressionテストが正常終了しなかったため、インストールされていません。
(注11) exam13.inpのテストを並列実行するとFailedとなります。並列計算時に高次のElectrostatic Momentsが結果不正となるバグ(開発元に報告済み)が原因です。
(注12) インテルコンパイラ版では微妙な数値誤差の影響で SelectionCollectionDataTest.HandlesCharge ユニットテストが失敗します。
(注14) GPU版はインテル版、GCC版の両方について、一部のテストでエラーが発生するため、インストールしていません。(エラー内容はそれぞれ別です)
(注15) 各バージョンのパッケージリストやテスト内容については以下のリンクからご確認ください(CPU(intel) / GPU(intel) / CPU(gcc) / GPU(gcc))
(注16) SIESTA 3.x を使った計算を論文にする場合は以下の論文を引用してください。

1. “Self-consistent order-N density-functional calculations for
    very large systems”, P. Ordejón, E. Artacho and J. M. Soler,
    Phys. Rev. B (Rapid Comm.) 53, R10441-10443 (1996).
2. “The SIESTA method for ab initio order-N materials simulation”
    J. M. Soler, E. Artacho,J. D. Gale, A. García, J. Junquera,
    P. Ordejón, and D. Sánchez-Portal, J. Phys.: Condens. Matt. 14,
    2745-2779 (2002).
(注17) NTChemを用いて得た成果を発表するときには引用義務があります。詳しくはマニュアルをご覧ください。
マニュアルとチュートリアルは、会話処理ノードの/local/apl/lx/ntchem/doc/以下にあります。
(注18) CRYSTALを使用するためにはユーザー毎にライセンス同意書に署名が必要です。郵送等で同意書がRCCSに届いた後、CRYSTALが利用可能になります。
(注19) DIRAC を使った計算を論文にする場合、このページに示されたリファレンスの引用義務があります。

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PDF icon CRYSTAL14のライセンス同意書281.59 KB