Scientific results using RCCS

Vibration Amplitude of Low-Dimensional Glassy System Goes Infinity

    Glassy systems behave like a solid, in spite of its liquid-like disordered structure. It is a long-standing problem how these glassy systems are different from (or similar to) crystalline solids. A cutting-edge viewpoint — dimensionality dependence of glassy fluctuation — reveals existence of large-scale vibrational fluctuation similar to that in crystal arising from so-called Mermin-Wagner theorem. In two dimensions, vibration motion is found to mask up the whole body with an amplitude that goes to infinity in the macroscopic limit. As a result, a group of particles move coherently with each passing moment.  Read more

Simulations of Chemical Reactions of Complex Molecular Systems

The f-f emission of lanthanide complexes is widely used as thermosensor. The emission process proceeds with the initial excitation from the ground singlet S0 state, followed by intersystem crossing (ISC) to the lowest triplet T1 state, excitation energy transfer (EET) from the ligand T1 to a lanthanide 4f55DJ state, internal conversion (IC) from the 5DJ to the 5D4 state, and the f-f green emission. If ISC from T1 to S0 competes with these events, the emission is weakened.  Read more

Amyloid Fibril Disruption by Ultrasonic Cavitation: Nonequilibrium Molecular Dynamics Simulations

Alzheimer's disease, one of dementia, is caused by amyloid fibrils of amyloid-β peptides. We performed nonequilibrium molecular dynamics simulations to describe the disruption of the amyloid fibrils by ultrasonic cavitation. A bubble is formed when the pressure is negative. When the pressure becomes positive, the bubble collapses and the jet flow of water disrupts the amyloid fibril.

H. Okumura and S. G. Itoh, J. Am. Chem. Soc. 136 (2014) 10549-10552.

Entangled quantum electronic wavefunctions of the Mn4CaO5 cluster in photosystem II

Large-dimensional multireference calculation of the electronic states of the photosynthetic water-splitting catalytic core, tetra-nuclear manganese complex: density matrix renormalization group calculation for the X-ray crystal structure.
By courtesy of Profs. Y. Kurashige and T. Yanai (IMS)

Journal : Nature Chemistry
Title : “Entangled quantum electronic wavefunctions of the Mn4CaO5 cluster in photosystem II”

Dynamics of phase transitions

We have performed the molecular dynamics simulations of homogeneous ice melting, in which the ordered crystalline structure is transformed to the disordered liquid structure. The developed new ordered parameter revealed that the accumulation of simple defects is hardly enlarged. Instead, the spatial separation of a defect pair induces the entanglement of hydrogen bond networks and leads to ice melting.

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Update Information

2017-10-02 会話処理ノード(ccfep.ims.ac.jp)への接続エラー

会話処理ノードのセキュリティーレベルが上がったため、古いsshのアプリケーションでは接続できません。
お手数ですが、sshアプリケーションをバージョンアップしてから接続願います。
2017-09-27 新システムの運用開始について

新システムの運用開始は、10月2日(月)10時を予定しています。
10月27日(金)9時までは、試用期間として課金なしで利用できます。
この期間中は、予告無くシステム停止することがありますので予めご了承ください。
2017-09-01 現システムの運用終了について

現在稼働中のシステムは、9月29日(金)12時をもって運用を終了します。
現システムの/home, /save, /weekにあるファイルは、新システムにそのまま移行されます。
PRIMEHPC FX10 については、システム更新後も利用できるように調整中ですが今のところ運用の可否は不明な状態です。従って PRIMEHPC FX10の/k/homeにあるファイルが運用終了以降アクセスできなくなりますので、ご自身で必要なファイルのバックアップをお願いします。運用継続が可能な場合でも、運用再開までにはしばらく時間がかかる見込みです。
2017-08-04 GENESIS-1.1.5が利用可能

PRIMERGYとUV2000で GENESIS-1.1.5が利用可能になりました。
GENESISの詳細は http://www.aics.riken.jp/labs/cbrt/ をご覧下さい。
2017-07-28 ネットワーク接続一時停止のお知らせ

SINET5 機器の緊急メンテナンス作業を行うため、下記の日時にネットワーク接続が一時停止します。
・2017年8月13日(日) 4:00～5:00
2017-06-30 次期システムの概要について

現行システムは2017年9月末頃に運用を終了し、10月から次期システムに移行します。次期システムの演算サーバと外部磁気ディスク装置の概要についてはこちらをご覧下さい。
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