AlphaFold 3.0.4

AlphaFold3 のモデルパラメータについては各自で申請、ダウンロードしてください。

ウェブページ

https://github.com/google-deepmind/alphafold3

バージョン

3.0.4

導入環境

  • NVIDIA ドライバ 610.43.02

導入手順(抜粋)

AlphaFold

[user@ccfep3 ~]$ curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh
[user@ccfep3 ~]$ export UV_PYTHON_INSTALL_DIR=/apl/alphafold/3.0.4/python-uv
[user@ccfep3 ~]$ uv python install 3.12
[user@ccfep3 ~]$ export UV_PYTHON=/apl/alphafold/3.0.4/python-uv/cpython-3.12.13-linux-x86_64-gnu/bin/python
[user@ccfep3 ~]$ export UV_PROJECT_ENVIRONMENT=/apl/alphafold/3.0.4/venv
[user@ccfep3 ~]$ uv venv $UV_PROJECT_ENVIRONMENT

[user@ccfep3 ~]$ cd /apl/alphafold/3.0.4
[user@ccfep3 3.0.4]$ git clone https://github.com/google-deepmind/alphafold3.git -b v3.0.4
[user@ccfep3 3.0.4]$ cd alphafold3/
[user@ccfep3 alphafold3]$ module load gcc-toolset/14
[user@ccfep3 alphafold3]$ uv sync --frozen --all-groups --no-editable

[user@ccfep3 alphafold3]$ . /apl/alphafold/3.0.4/venv/bin/activate
(venv) [user@ccfep3 alphafold3]$ build_data

hmmer については、3.0.3 のものを流用しています。(シンボリックリンク)

メモ

  • 3.0.3 と同様の手順で導入しています。
  • CPU での動作も確認しています。
    • --flash_attention_implementation=xla --jax_backend=cpu の指定が必要のようです
    • 実行時に tokamax 関連のところで Failed to run implementation エラーが大量に表示されますが、実行自体はできているようです。