Gromacs 2026.2

ウェブページ

http://www.gromacs.org/

バージョン

2026.2

ビルド環境

  • GCC 13.3.1 (gcc-toolset-13)
  • Open MPI 4.1.8
  • cmake 3.31.6
  • HDF5 1.14.6
    • (./configure --enable-fortran --enable-cxx --enable-hl)
  • libtorch 2.12.0-cpu (バイナリ版)

必要なファイル

  • gromacs-2026.2.tar.gz
  • regressiontests-2026.2.tar.gz
  • (以下手順中でも一部ファイルを取得)

ビルド手順

#!/bin/sh

VERSION=2026.2
INSTALL_PREFIX=/apl/gromacs/${VERSION}

BASEDIR=/home/users/${USER}/Software/Gromacs/${VERSION}/
GROMACS_TARBALL=${BASEDIR}/gromacs-${VERSION}.tar.gz
REGRESSION_TARBALL=${BASEDIR}/regressiontests-${VERSION}.tar.gz
WORKDIR=/gwork/users/${USER}
REGRESSION_PATH=${WORKDIR}/regressiontests-${VERSION}

TORCH_DIR=/apl/libtorch/2.12.0/cpu

PARALLEL=12
export LANG=C

#---------------------------------------------------------------------
umask 0022

module -s purge
module -s load gcc-toolset/13
module -s load openmpi/4.1.8/gcc13
module -s load hdf5/1.14.6
module -s load cmake/3.31.6
module -s load libtorch/2.12.0/cpu

cd ${WORKDIR}
if [ -d gromacs-${VERSION} ]; then
 mv gromacs-${VERSION} gromacs_erase
 rm -rf gromacs_erase &
fi

if [ -d regressiontests-${VERSION} ]; then
 mv regressiontests-${VERSION} regressiontests_erase
 rm -rf regressiontests_erase &
fi

tar xzf ${GROMACS_TARBALL}
tar xzf ${REGRESSION_TARBALL}
cd gromacs-${VERSION}

# single precision, no MPI
mkdir rccs-s
cd rccs-s
cmake .. \
  -DCMAKE_PREFIX_PATH="${TORCH_DIR}" \
  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \
  -DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
  -DCMAKE_C_COMPILER=gcc \
  -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++ \
  -DGMX_MPI=OFF \
  -DGMX_GPU=OFF \
  -DGMX_DOUBLE=OFF \
  -DGMX_THREAD_MPI=ON \
  -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
  -DGMX_NNPOT=TORCH \
  -DGMX_USE_EXT_FMM=OFF \
  -DGMX_USE_HDF5=ON \
  -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \
  -DREGRESSIONTEST_PATH=${REGRESSION_PATH}
make -j${PARALLEL} && make check && make install
cd ..
rm -rf rccs-s

# double precision, no MPI
mkdir rccs-d
cd rccs-d
cmake .. \
  -DCMAKE_PREFIX_PATH="${TORCH_DIR}" \
  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \
  -DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
  -DCMAKE_C_COMPILER=gcc \
  -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++ \
  -DGMX_MPI=OFF \
  -DGMX_GPU=OFF \
  -DGMX_DOUBLE=ON \
  -DGMX_THREAD_MPI=ON \
  -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
  -DGMX_NNPOT=TORCH \
  -DGMX_USE_EXT_FMM=OFF \
  -DGMX_USE_HDF5=ON \
  -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \
  -DREGRESSIONTEST_PATH=${REGRESSION_PATH}
make -j${PARALLEL} && make check
make install
cd ..
rm -rf rccs-d

# single precision, with MPI
mkdir rccs-mpi-s
cd rccs-mpi-s
cmake .. \
  -DCMAKE_PREFIX_PATH="${TORCH_DIR}" \
  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \
  -DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
  -DCMAKE_C_COMPILER=mpicc \
  -DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx \
  -DGMX_MPI=ON \
  -DGMX_GPU=OFF \
  -DGMX_DOUBLE=OFF \
  -DGMX_THREAD_MPI=OFF \
  -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
  -DGMX_USE_PLUMED=ON \
  -DGMX_NNPOT=TORCH \
  -DGMX_USE_EXT_FMM=OFF \
  -DGMX_USE_HDF5=ON \
  -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \
  -DREGRESSIONTEST_PATH=${REGRESSION_PATH}
make -j${PARALLEL} && make check && make install
cd ..
rm -rf rccs-mpi-s

mkdir rccs-mpi-d
cd rccs-mpi-d
cmake .. \
  -DCMAKE_PREFIX_PATH="${TORCH_DIR}" \
  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \
  -DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
  -DCMAKE_C_COMPILER=mpicc \
  -DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx \
  -DGMX_MPI=ON \
  -DGMX_GPU=OFF \
  -DGMX_DOUBLE=ON \
  -DGMX_THREAD_MPI=OFF \
  -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
  -DGMX_USE_PLUMED=ON \
  -DGMX_NNPOT=TORCH \
  -DGMX_USE_EXT_FMM=OFF \
  -DGMX_USE_HDF5=ON \
  -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \
  -DREGRESSIONTEST_PATH=${REGRESSION_PATH}
make -j${PARALLEL} && make check
make install
cd ..
rm -rf rccs-mpi-d

テスト

テストは全て pass しています。

メモ

  • libtorch 2.12.0 と合わせてビルドしているため、Neural Network Potential が利用可能です。
    • ただし、公式ドキュメントによると、利用するモデルも pytorch 2.12.0 で作成する必要があるとのことです。pytorch の別バージョンを使う場合には上記の手順を参考にご自身でビルドする必要がありそうです。
    • GPU 有効版についてはこちらをご確認ください。
    • libtorch 2.12.0 はバイナリ版を利用しています。(libtorch 2.12.0 のビルドはうまくいっていません。)
  • plumed は有効になっていますが、正常な動作を確認できていません。
    • シリアルでは動作しているようですが、並列するとエラーが発生しています。(空の plumed.dat を使ったテストで確認)
  • CP2K との連携は今回できていません。
    • cmake を使ってビルドした既存 cp2k (2025.2, 2026.1)と合わせられませんでした。
    • 2024.3 以前の既存 cp2k については今回試していません。
  • FMM(高速多重極子展開法)については試していません。