AlphaFold 3.0.2

AlphaFold3 のモデルパラメータについては各自で申請、ダウンロードしてください。

ウェブページ

https://github.com/google-deepmind/alphafold3

バージョン

3.0.2

導入環境

  • NVIDIA ドライバ 595.58.03

導入手順(抜粋)

AlphaFold

$ curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh
$ export UV_PYTHON_INSTALL_DIR=/apl/alphafold/3.0.2/python-uv
$ uv python install 3.12
$ export UV_PYTHON=/apl/alphafold/3.0.2/python-uv/cpython-3.12.13-linux-x86_64-gnu/bin/python
$ export UV_PROJECT_ENVIRONMENT=/apl/alphafold/3.0.2/venv
$ uv venv $UV_PROJECT_ENVIRONMENT

$ cd /apl/alphafold/3.0.2
$ git clone https://github.com/google-deepmind/alphafold3.git -b v3.0.2
$ cd /apl/alphafold/3.0.2/alphafold3/
$ module load gcc-toolset/14    # gcc 9.4 or later is required
$ uv sync --frozen --all-groups --no-editable

$ . /apl/alphafold/3.0.2/venv/bin/activate
$ build_data

hmmer-3.4 (patched version)

$ cd /apl/alphafold/3.0.2
$ wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer-3.4.tar.gz --directory-prefix hmmer_build
$ cd hmmer_build
$ echo "ca70d94fd0cf271bd7063423aabb116d42de533117343a9b27a65c17ff06fbf3 hmmer-3.4.tar.gz" | sha256sum --check
hmmer-3.4.tar.gz: OK
$ echo $?
0
$ tar xf hmmer-3.4.tar.gz && rm -f hmmer-3.4.tar.gz
$ patch -p0 < ../alphafold3/docker/jackhmmer_seq_limit.patch
patching file hmmer-3.4/src/jackhmmer.c
$ cd hmmer-3.4
$ ./configure --prefix /apl/alphafold/3.0.2/hmmer
$ make -j16
$ make install
$ cd easel/
$ make install
$ rm -rf /apl/alphafold/3.0.2/hmmer_build

メモ

  • 3.0.0 導入時の記述も参考になるかもしれません。
  • データベースについては 3.0.0 用に用意したものを使うようになっています。
  • 導入時には uv を利用していますが、実行時には uv は不要です。venv/bin/activate を読み込み、hmmer に PATH を通せば大丈夫です。
    • RCCS では module (alphafold/3.0.2) を用意しましたのでこちらをご利用ください。公式の Dockerfile で定義されている XLA_FLAGS などについても module 内で設定しています。
  • Python 3.14 を使うとエラーが出たため、Dockerfile の記述にあわせて 3.12 を利用しました。
    • エラーの詳細については検討していません。
  • MSA 部分の出力ファイル名の仕様が既存のものと変わっているように見えます。
    • "name": "2PV7" のインプットの場合、既存のバージョンでは (output_dir)/2pv7/2pv7_data.json という名前のファイルが作られましたが、このバージョンでは (output_dir)/2PV7/2PV7_data.json となるようです。