2016.5
(EOF内部の行で行頭のタブがスペースに置き換えられています。このスクリプトを利用される際にはご注意ください。)
#!/bin/sh
VERSION=2016.5
SCL_TOOLSET=devtoolset-4
INSTALL_PREFIX=/local/apl/lx/gromacs2016.5-gnu-CUDABASEDIR=/home/users/${USER}
GROMACS_TARBALL=${BASEDIR}/gromacs-${VERSION}.tar.gz
#REGRESSION=${BASEDIR}/regressiontests-${VERSION} # unpackedWORKDIR=/work/users/${USER}
#export OMP_NUM_THREADS=1#---------------------------------------------------------------------
umask 0022cd ${WORKDIR}
if [ -d gromacs-${VERSION} ]; then
mv gromacs-${VERSION} gromacs_erase
rm -rf gromacs_erase &
fitar xzf ${GROMACS_TARBALL}
cd gromacs-${VERSION}# single precision, no MPI
scl enable ${SCL_TOOLSET} bash <<-EOF
mkdir rccs-gnu-s
cd rccs-gnu-s
cmake .. \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \
-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
-DGMX_MPI=OFF \
-DGMX_GPU=ON \
-DGMX_DOUBLE=OFF \
-DGMX_THREAD_MPI=ON \
-DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 \
-DGMX_USE_NVML=OFF \
-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF
make -j12 && make install
cd ..# compiler setting for MPI versions
export CC=mpicc
export CXX=mpicxx
export F77=mpif90
export F90=mpif90
export FC=mpif90# single precision, with MPI
mkdir rccs-gnu-mpi-s
cd rccs-gnu-mpi-s
cmake .. \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \
-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
-DGMX_MPI=ON \
-DGMX_GPU=ON \
-DGMX_DOUBLE=OFF \
-DGMX_USE_NVML=OFF \
-DGMX_THREAD_MPI=OFF \
-DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 \
-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF
make -j12 && make install
cd ..
EOF
なぜかこのバージョンのみ -DGMX_USE_NVML=OFF をつける必要がある。(libnvidia-ml.so 関連の問題回避)