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Amber11 + AmberTools1.5インストール
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Amber11 bugfix.19
AmberTools1.5 bugfix.24　

source /opt/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64
source /opt/intel/impi/4.0.2/intel64/bin/mpivars.sh

tar xvjf somewhere/Amber11.tar.bz2
tar xvjf somewhere/AmberTools-1.5.tar.bz2

export AMBERHOME=`pwd`/amber11
export MKL_HOME=/opt/intel/mkl
export LANG=C

cd $AMBERHOME

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Amber11 + AmberTools1.5 bugfix適用
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patch -p0 -N < somewhere/bugfix.all  		←AmberTools bugfix
cp somewhere/apply_bugfix.x .        		←Amber11 bugfix
chmod 700 apply_bugfix.x			←Amber11 bugfix
./apply_bugfix.x somewhere/bugfix.all.tar.bz2	←Amber11 bugfix

cd AmberTools/src

#
#Intel Compiler versin 12 で version判定が上手く動作していないため
#configure を修正
#
##
## icc -v
## icc version 12.1.0 (gcc version 4.4.5 compatibility)
## ifort -v
## ifort version 12.1.0

icc&ifortのバージョンチェックで現バージョン[12]を代入
     icc_version=`$cc -v 2>&1`
      ###icc_version=`echo $icc_version | sed -e 's/\..*//g' | sed -e 's/^Version //'`
      icc_version=12

      # Test Intel compiler versions for optimisation flags. Note that the
      # output of "ifort -v" goes onto STDERR.
      ifort_version=`$fc -v 2>&1`
      ###ifort_version=`echo $ifort_version | sed -e 's/\..*//g' | sed -e 's/^Version //'`
      ifort_version=12

      # DRR - Add flags necessary for correct compilation with intel version >= 11
      if [ "$icc_version" -ge 11 ] ; then　←11以上なら真なので
        cxxflags="-std=c++0x $cxxflags"
        ambercxxflags="-std=c++0x $ambercxxflags"
        ldflags="-shared-intel "
      fi

#
#Intel MKL 64bit版のディレクトリが　em64t -> intel64 に変更されたため
#下位互換のため　em64t を intel64 のシンボリックリンクを作成
#

cd /opt/intel/mkl/lib ; ln -s intel64 em64t

*******************************************************
./configure -nosleap intel | tee cf.log          ←AmberTools sirial版configure
*******************************************************
[root@ccpgy002 src]# ./configure intel | tee cf.log
Using Intel MKL libraries in /opt/intel/mkl/lib/em64t
MKL Version 10 or 11 assumed.

cd $AMBERHOME/AmberTools/src
make serial | tee make_amtool_serial.log    ←AmberTools make AmberTools/srcで実行(serial版 AmberToolsのmake)

cd $AMBERHOME
./AT15_Amber11.py
cd src
make serial | tee mk-serial.log    　　　　　←Amber11 make
cd ../test
make | tee test.log                         　← serial version test

#*************************************************************
#./AT15_Amber11.py　
#エラーが指摘されているものと、誤差および座標系(180°が-180°となる)
#であることを確認
#*************************************************************

make clean


cd $AMBERHOME/AmberTools/src

vi configure
  mpicc -> mpiicc　　　　　←mpicc を mpiiccに変更
  mpif90 -> mpiifort　　　 ←mpif90 を mpiifortに変更

configure -mpi -nosleap intel| tee cf_para.log 

make parallel | tee mk-mpi_amtools.log

cd $AMBERHOME
./AT15_Amber11.py
cd src
make clean
make parallel | tee mk-para.log

#*************************************************************
#./AT15_Amber11.py　
#エラーが指摘されているものと、誤差および座標系(180°が-180°となる)
#であることを確認
#*************************************************************

以上